hisat2默认流程下处理的bam文件不能用gtz压缩

[boiscat]

ref文件：genome.fa (hg19)
下载地址：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz

hisat2运行的ref: hg19 genome_tran
下载地址：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml

已经通过默认的hisat2流程生成bam文件（没有用hisat2-gtz），gtz打包时报错如下：

prepare compression... 100%, cost 23s (18|5)
Enabling high-rate compression mode with /home/.config/gtz/genome.fa-D2A70550489DE356A2CD6BFC40711204.bam.rbin2( hardware speedup )
[                                                  ] 0%

RNAME "1" was not found in reference file: /home/Erythropoiesis_APA/HSC_APA/hsc_apa1/04-salmon/00-file/genome.fa
error: the reference file was detected to not match this BAM file!

[xuxiali13]

@boiscat ，你好，这里报错是因为gtz检测到bam这行数据，第三个域内容为"1"（第三个域对应为RNAME），该RNAME在ref中没有找到，这里有两种可能：

1、用gtz压缩bam时，--ref参数所指定的ref文件不是hisat2生成bam对应的ref文件（这里应该指定为你提到的“hisat2运行的ref: hg19 genome_tran”）

2、该bam对应报错行，数据有问题，譬如少了域？因为"1"不像是一个正常的RNAME