-
去掉 wasm32 代码和相关文档。
-
完整实现全新系统架构（参考）
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ User Interface Layer │
│ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌────────────┐ │
│ │ CLI Client │ │ Chat Mode │ │ Web API │ │ SDK/SDK │ │
│ └──────────────┘ └──────────────┘ └──────────────┘ └────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
│
▼
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ Language Processing Layer │
│ ┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ Universal Task Translator (Any Language → Optimized English) │ │
│ │ • Language Detection • Semantic Extraction • Intent Analysis │ │
│ └──────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
│
▼
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ AI Orchestration Layer (LangGraph-Inspired/支持自适应/可配置单次快速和多智能体调用完成任务) │
│ ┌─────────────┐ ┌─────────────┐ ┌─────────────┐ ┌──────────────┐ │
│ │ Supervisor │ │ Planner │ │ Executor │ │ Validator │ │
│ │ Agent │ │ Agent │ │ Agent │ │ Agent │ │
│ └─────────────┘ └─────────────┘ └─────────────┘ └──────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ Multi-Agent Coordination (Domain Experts) │ │
│ │ Alignment │ Variant Calling │ RNA-seq │ Epigenomics │ Assembly 等等│ │
│ └──────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
│
▼
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ Knowledge Enhancement Layer (RAG) │
│ ┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ Vector Database (Embeddings) │ │
│ │ • 6103 Bioconda Tools • 158 Skills • Community Knowledge │ │
│ └──────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌────────────┐ │
│ │ Tool Docs │ │ Skills DB │ │ Error DB │ │ Best │ │
│ │ Indexer │ │ Manager │ │ (Learning) │ │ Practices │ │
│ └──────────────┘ └──────────────┘ └──────────────┘ └────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
│
▼
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ Execution & Monitoring Layer │
│ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌────────────┐ │
│ │ Command │ │ Execution │ │ Result │ │ Feedback │ │
│ │ Generator │ │ Engine │ │ Analyzer │ │ Collector │ │
│ └──────────────┘ └──────────────┘ └──────────────┘ └────────────┘ │
│ │
│ ┌──────────────────────────────────────────────────────────────────┐ │
│ │ Self-Evolution Engine (Continuous Learning) │ │
│ │ • Skill Auto-Generation • Prompt Optimization • Error Recovery│ │
│ └──────────────────────────────────────────────────────────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
│
▼
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ Infrastructure Layer │
│ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌──────────────┐ ┌────────────┐ │
│ │ LLM Backend │ │ Cache Layer │ │ Workflow │ │ Remote │ │
│ │ (Multiple) │ │ (SQLite) │ │ Engine │ │ Execution │ │
│ └──────────────┘ └──────────────┘ └──────────────┘ └────────────┘ │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
https://github.com/Traitome/oxo-call-extends/blob/main/data/bioconda_tools_docs.txt 可以嵌入数据使用
核心目标是通过构建高性能高可靠软件实现项目目标：Reliable natural-language orchestration for CLI bioinformatics ，达到Describe your task in plain language — oxo-call fetches the tool's documentation，asks your LLM backend to generate the exact flags you need。
去掉 wasm32 代码和相关文档。
完整实现全新系统架构（参考）
核心目标是通过构建高性能高可靠软件实现项目目标：Reliable natural-language orchestration for CLI bioinformatics ，达到Describe your task in plain language —
oxo-callfetches the tool's documentation，asks your LLM backend to generate the exact flags you need。