From 83a6dbe2a055fb7b68aff3d4ebf4e734aaea6abd Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Tim Sackton Date: Wed, 8 Apr 2026 11:56:49 -0400 Subject: [PATCH] Fix default target selection when QC module is enabled --- .../local_genome_ref_name_underscore.yaml | 63 + tests/data/reference/Test_Ref.fa | 1668 +++++++++++++++++ tests/tests.py | 25 + workflow/Snakefile | 33 +- 4 files changed, 1773 insertions(+), 16 deletions(-) create mode 100644 tests/configs/local_genome_ref_name_underscore.yaml create mode 100644 tests/data/reference/Test_Ref.fa diff --git a/tests/configs/local_genome_ref_name_underscore.yaml b/tests/configs/local_genome_ref_name_underscore.yaml new file mode 100644 index 00000000..dd21b6e5 --- /dev/null +++ b/tests/configs/local_genome_ref_name_underscore.yaml @@ -0,0 +1,63 @@ +samples: "samples.csv" + +reference: + name: "Test_Ref" + source: "tests/data/reference/Test_Ref.fa" # Can be a refseq/genbank accession, url, or path + +variant_calling: + expected_coverage: "low" # low | high 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+TGGCTTCGGCGATCTAAAGATCCAGAACCAAGGCATTGGATTGGTCAACATATCGGACTC +CTGCTCCGTTTTCGATGGAATCGCTGGCTTCGCCTTTCAGCAACTCTCTATGACCAAATC +GGTCCCTTCTTTCCAGCAAATGATTGACCAACAGTTGGTGGAGCAGCCAATTTTCTCGTT +TCATCTGAAAAGTGGGTCCAGTGATGGGGGCTCCATGATACTCGGTGGATCGAACTCGAG +TCTGTACTACGGTCCGTTGACCTATACAAATGTGACCGAGGCCAAGTACTGGAGCTTCAA +GCTGGACTTCATAGCGGTCCATGGCAAGGGTTCCAGGAGCTCCCGCACGGGGAACAAGGC +CATCATGGACACGGGAACCTCCCTGATCGTTGGTCCTGTCCTGGAAGTCCTCTACATCAA +CAAGGACATCGGAGCCGAGCACAATAAAACCTATAACCTGTACACCGTCGCCTGTGAATC +GATTCCCCAACTTCCGATCATCGTCTTTGGCATTGCTGGCAAGGAGTTCTTCGTGAAGCC +ACATACCTACGTCATCAGGTACGATAATTTTTGCTTCTCCGCCTTTATGGACATGCTAGG +CCTGCAGTACTGGATACTCGGTGATGCCTTCATGCGGGAGAACTATGTGGAGTTCGATTG +GGCTAGGAGAAGAATGGGCATAGCACCGGCTGTATGAGGGgattattcattttattatgA +CTATCACACCTTGCGTGATaagtgaatttatttaaaaaaatattcggaCTATAATTTGGT +AAACAAATATTACCAATTGTATAAATGGCAATGAcagaaaaaaattcaattacatTGTAA +AAGTTGGACAAATAAATGTGAATTGTTAATGGGCGTTAATTCCGATCGATTGGACATTAG +GAAATCTGACCTCTTAGCTATTTGGTGTTACTTGTGGGTTCCAACTTGATGTTCCTTTCC +ATTTTGTGCGGTTTGCTGACCACCGTTGCCCCCATAAATGCCACGTGGCATGCgaggctg +ttgctgctgctgctgctgctgctgatgcagcTGTTGCAATTGTCGCAGCTGCACTTGTTG +CTGAAACTCCAGATTCTTGTAGATCAtggctgcagcagcagcagcattgttAGGAGCCTG +AGGTTGTTGCGGGGCAGCCTGTTGCGAGTGTTGCTGGTTGTGCTGCGAAGCTTGACGCAG +ATTTCGAGCGATCAATTGCTGATACAGCAGAGCAAAGTCCTTGGGATTGGCGTTGGACAA +TGCAGCTAGATCCCCGACACTTGGACGGTGAAGCTGCTGCTgatactgctgttgctgctg +ctgctgctgctgctgttgcggtggtggctgtggtgccacctgctgctgcttttgtggCAT +GTGGATATGATGGTGGCTGCGTGGCGCATTCAACTGCGGCTGTGGCGGCGCTTGGTGTCG +CATCTGATGGTAAAACTGGGGAAATGGTATCTCATTGAAATTTTTAACCGAGTTGCGATT +GTGGCTTTCGGTGCCAAGTTGAcgatgtggctgctgctgttgatgttgctgctgttgctg +ttgatgtttctgctgttgatgctgatgatgttgctgctgatgatgttgctgctgatgatg +ttgctgctgctgatgttgctgctgatgctgaggGATCtgtctttgttgttgctgaaaGCC +GCTCtgaaacacaaaataaatgtatggCAGTTAGCATAGGATATTTATAGTATGTGAGAT +AGATACGCAATTCTAaactattttcaaaaaaaaccCGATAACCGTTTAATAGATTCGCGC +CTGGTTGCTCATAGCTTACCCCCGGCAAGTTGGAGGCAGCGCCTTCATGTTCCGGAGTAG +CTTGTCTTCTTTCATATAGAGGCACCGACTTGACGGATCGTTCGTATCCCGGGTGGGAAC +TCCAAGCTTGACTCACCATCGGTTTCAGGCCCGCAAGGCAGCTGGCCATGTCCTTGGGAA +AGTCAAGGAAGCTCTCCCCGAACAGGGAGTAGTTTTCGGCGGCCTTGAAGTAGTTATGAG +TGCCGTTCTCCGGGTAACCGATGGTATCTCCGTAGAGAACGCGCTCCACCTCGGTTACGT +AAATGCTGGCACTGTCGACGGCCGCTGGCTTGCTGACACTTTCGCTGGCCGCTGGCTTGC +TGGCAGATCCCATTTCACACCCCGTTCCTGATTCGCATCCACTTGGAAAATTGGGCACAG +CTTCCTCAGACGCCTCCACGAGACCCAGGGAAATGTCGTTG diff --git a/tests/tests.py b/tests/tests.py index b35e3ba2..6dab676c 100644 --- a/tests/tests.py +++ b/tests/tests.py @@ -1293,6 +1293,11 @@ def get_qc_config(): return CONFIGS_DIR / "local_genome_qc.yaml" +def get_qc_underscore_ref_config(): + """Config with QC enabled and a local reference name containing an underscore.""" + return CONFIGS_DIR / "local_genome_ref_name_underscore.yaml" + + @pytest.mark.dry_run def test_qc_dry_run(request): """Dry run QC dashboard target — exercises all QC rules.""" @@ -1327,6 +1332,26 @@ def test_qc_dry_run(request): "Expected qc_copy_qc_report rule in DAG" +@pytest.mark.dry_run +def test_default_target_with_qc_enabled_runs_full_pipeline(request): + """No explicit target should still resolve to the main workflow's all rule.""" + no_conda = request.config.getoption("--no-conda") + with tempfile.TemporaryDirectory() as tmpdir: + smk = SnakemakeRunner(Path(tmpdir), use_conda=not no_conda) + + result = smk.dry_run( + target=[], + configfile=get_qc_underscore_ref_config(), + samples=get_samples_file(), + ) + result.assert_success() + + output = result.stdout + result.stderr + assert "rule all:" in output, "Expected the main all rule to be the default target" + assert "bwa_mem" in output, "Expected core mapping/variant DAG rules in the default target" + assert "qc_qc_dashboard" in output, "Expected the QC dashboard DAG in the default target" + + @pytest.mark.dry_run def test_qc_disabled_no_rules(request): """When QC is disabled, no QC rules appear.""" diff --git a/workflow/Snakefile b/workflow/Snakefile index bdf2db2f..ded0472d 100644 --- a/workflow/Snakefile +++ b/workflow/Snakefile @@ -32,6 +32,23 @@ else: include: "rules/variant_calling/hard_filters.smk" +# --- Default target ---------------------------------------------------------- + +rule all: + """Default target: full pipeline.""" + default_target: True + input: + "results/vcfs/raw.vcf.gz", + "results/qc_metrics/qc_report.tsv", + CALLABLE_TARGETS, + # Postprocess outputs (when enabled) + "results/postprocess/filtered.vcf.gz" if POSTPROCESS_ENABLED else [], + "results/postprocess/clean_snps.vcf.gz" if POSTPROCESS_ENABLED else [], + "results/postprocess/clean_indels.vcf.gz" if POSTPROCESS_ENABLED else [], + # QC dashboard (when enabled) + "results/qc/qc_dashboard.html" if config["modules"]["qc"]["enabled"] else [], + + # --- Module imports ---------------------------------------------------------- if POSTPROCESS_ENABLED: @@ -71,22 +88,6 @@ if config["modules"]["qc"]["enabled"]: use rule * from qc exclude all as qc_* -# --- Default target ---------------------------------------------------------- - -rule all: - """Default target: full pipeline.""" - input: - "results/vcfs/raw.vcf.gz", - "results/qc_metrics/qc_report.tsv", - CALLABLE_TARGETS, - # Postprocess outputs (when enabled) - "results/postprocess/filtered.vcf.gz" if POSTPROCESS_ENABLED else [], - "results/postprocess/clean_snps.vcf.gz" if POSTPROCESS_ENABLED else [], - "results/postprocess/clean_indels.vcf.gz" if POSTPROCESS_ENABLED else [], - # QC dashboard (when enabled) - "results/qc/qc_dashboard.html" if config["modules"]["qc"]["enabled"] else [], - - rule setup: """ Prepare reference, indices, and intervals.