Некоторые пакеты ставятся в одну папку - например bin и при полном удалении возникает следующая ошибка:
Error during uninstallation process: Cannot remove directory /Users/.../Applications/NextGIS/usr: Directory not empty
Потом все удаляется корректно. Обновлениям тоже не мешает.
Сообщение не нужно показывать.