diff --git a/Makefile b/Makefile
index f3c07e1..d1d3bb6 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -3,7 +3,8 @@ CFLAGS= -g -O3
 CPPFLAGS=-I$(HTSDIR)
 HTSDIR=../htslib
 HTSLIB=$(HTSDIR)/libhts.a
-LDLIBS=-lpthread -lz -lm $(HTSLIB)
+LDLIBS=-lpthread -lz -lm $(HTSLIB) -ldl
+LDFLAGS=-rdynamic
 
 all: pbwt
 
diff --git a/pbwt.h b/pbwt.h
index e6b60c5..081654e 100644
--- a/pbwt.h
+++ b/pbwt.h
@@ -23,7 +23,7 @@
 
 #include "utils.h"
 
-const static int pbwtMajorVersion = 3, pbwtMinorVersion = 0 ;
+const static int pbwtMajorVersion = 3, pbwtMinorVersion = 1 ;
 
 const char *pbwtCommitHash(void);
 const char *pbwtHtslibVersionString(void);
@@ -34,7 +34,7 @@ typedef unsigned char uchar ;
 
 typedef struct PBWTstruct {
   int N ;			/* number of sites */
-  int M ;			/* number of samples */
+  int M ;			/* number of haplotypes */
   char* chrom ;			/* chromosome name */
   Array sites ;			/* array of Site */
   Array samples ;		/* array of int index into global samples */
@@ -50,6 +50,8 @@ typedef struct PBWTstruct {
   Array dosageOffset ;		/* of long, site index into zDosage, 0 if no dosage data */
   BOOL  isRefFreq ;		/* some flags for the whole VCF */
   BOOL  isUnphased ;
+  BOOL isX;			/* chromosome is nonPAR region of chrX, treat male samples as haploid, female samples as diploid */
+  BOOL isY;			/* chromosome is chrY, treat male samples as haploid and ignore female samples */
 } PBWT ;
 
 /* philosophy is to be lazy about PBWT - only fill items for which we have info */
@@ -60,15 +62,18 @@ typedef struct SiteStruct {
   double freq ;			/* frequency */
   double refFreq ;		/* frequency from reference used for last phasing or imputation */
   double imputeInfo ;		/* estimated r^2 from imputation */
+  BOOL isImputed ;		/* TRUE if site was imputed */
 } Site ;
 
 typedef struct SampleStruct {
   int nameD ;			/* index in sampleDict */
-  int father ;			/* index into samples */
-  int mother ;			/* index into samples */
+  int father ;			/* index in sampleDict */
+  int mother ;			/* index in sampleDict */
+  int family ;			/* index in familyDict */
   int popD ;			/* index in populationDict */
-  BOOL isMale ;			/* treat X chromosome as haploid */
-  BOOL isFemale ;		/* treat X chromosome as diploid and ignore Y */
+  BOOL isMale ;			/* treat X chromosome as haploid, Y chromosome as haploid */
+  BOOL isFemale ;		/* treat X chromosome as diploid and ignore for Y */
+  Array metaData ;			// sample metadata
 } Sample ;
 
 typedef struct {		/* data structure for moving forwards - doesn't know PBWT */
@@ -89,7 +94,7 @@ typedef struct {		/* data structure for moving forwards - doesn't know PBWT */
 /* pbwtMain.c */
 
 extern char *commandLine ;	/* a copy of the command line */
-extern FILE *logFile ;  /* log file pointer */
+extern FILE *logFile ;		/* log file pointer */
 
 /* pbwtCore.c */
 
@@ -152,13 +157,18 @@ int extendPackedBackwards (uchar *yzp, int M, int *f, int c, uchar *zp) ; /* mov
 
 void sampleInit (void) ;
 void sampleDestroy (void) ;
-Sample *sample (PBWT *p, int i) ; /* give back Sample structure for sample i from p */
-int  sampleAdd (char* name, char *father, char *mother, char *pop) ;
+int sampleAdd (char *name) ;
+int sampleCount (void);
+Sample *sample (int i) ; /* give back Sample structure for sample i, where i is an index into sampleDict */
+#define pbwtSample(p,i) sample(arr(p->samples,i,int))  /* give back Sample structure for sample i, where i the index into p->samples array */
+int pbwtSamplePloidy(PBWT *p, int i) ;
 char* sampleName (Sample *s) ;
-char* popName (Sample *s) ;	/* give back population name for sample i */
+char* popName (Sample *s, char *name) ;	/* give back population name for Sample s */
+char* familyName (Sample *s, char *name) ;	/* give back family name for Sample s */
 PBWT *pbwtSubSample (PBWT *pOld, Array select) ;
 PBWT *pbwtSubSampleInterval (PBWT *pOld, int start, int Mnew) ;
 PBWT *pbwtSelectSamples (PBWT *pOld, FILE *fp) ;
+PBWT *pbwtRemoveSamples (PBWT *pOld, FILE *fp) ;
 
 /* pbwtIO.c */
 
@@ -177,8 +187,8 @@ PBWT *pbwtRead (FILE *fp) ;
 Array pbwtReadSitesFile (FILE *fp, char **chrom) ;
 void pbwtReadSites (PBWT *p, FILE *fp) ;
 void pbwtReadRefFreq (PBWT *p, FILE *fp) ;
-Array pbwtReadSamplesFile (FILE *fp) ;
-void pbwtReadSamples (PBWT *p, FILE *fp) ;
+Array pbwtReadSamplesFile (FILE *fp) ; /* read samples and sample metadata from a file */
+void pbwtReadSamples (PBWT *p, FILE *fp) ; /* read samples and sample metadata after pbwt read from file */
 void pbwtReadMissing (PBWT *p, FILE *fp) ;
 void pbwtReadDosage (PBWT *p, FILE *fp) ;
 void pbwtReadReverse (PBWT *p, FILE *fp) ;
@@ -197,7 +207,7 @@ void pbwtCheckPoint (PbwtCursor *u, PBWT *p) ; /* need cursor to write end index
 
 /* pbwtHtslib.c */
 /* all these functions also read and write samples and sites */
-PBWT *pbwtReadVcfGT (char *filename) ;	/* read GTs from vcf/bcf using htslib */
+PBWT *pbwtReadVcfGT (char *filename, int isXY) ;	/* read GTs from vcf/bcf using htslib; isX: isXY == 2; isY: isXY == 1 */
 PBWT *pbwtReadVcfPL (char *filename) ;	/* read PLs from vcf/bcf using htslib */
 // mode: wb=compressed BCF; wbu=uncompressed BCF; wz=compressed VCF; w=uncompressed VCF
 void pbwtWriteVcf (PBWT *p, char *filename, char *reference_fname, char *mode) ;  /* write vcf/bcf using htslib */
diff --git a/pbwtCore.c b/pbwtCore.c
index 486055b..536c881 100644
--- a/pbwtCore.c
+++ b/pbwtCore.c
@@ -36,6 +36,7 @@ void pbwtInit (void)
   variationDict = dictCreate (32) ;
   pack3init () ; 
   sampleInit () ;
+  metaDataInit () ;
 }
 
 PBWT *pbwtCreate (int M, int N)
@@ -44,7 +45,6 @@ PBWT *pbwtCreate (int M, int N)
 
   p->M = M ; p->N = N ;
   p->aFstart = myalloc (M, int) ; int i ; for (i = 0 ; i < M ; ++i) p->aFstart[i] = i ;
-
   return p ;
 }
 
@@ -104,6 +104,7 @@ PBWT *pbwtSubSites (PBWT *pOld, double fmin, double frac)
   pNew->samples = pOld->samples ; pOld->samples = 0 ;
   pNew->missingOffset = pOld->missingOffset ; pOld->missingOffset = 0 ;
   pNew->zMissing = pOld->zMissing ; pOld->zMissing = 0 ;
+  pNew->isX = pOld->isX ; pNew->isY = pOld->isY ;
   pbwtDestroy (pOld) ; pbwtCursorDestroy (uOld) ; pbwtCursorDestroy (uNew) ;
   free(x) ;
   return pNew ;
@@ -141,6 +142,7 @@ PBWT *pbwtSubRange (PBWT *pOld, int start, int end)
   pNew->samples = pOld->samples ; pOld->samples = 0 ;
   pNew->missingOffset = pOld->missingOffset ; pOld->missingOffset = 0 ;
   pNew->zMissing = pOld->zMissing ; pOld->zMissing = 0 ;
+  pNew->isX = pOld->isX ; pNew->isY = pOld->isY ;
   pbwtDestroy (pOld) ; pbwtCursorDestroy (uOld) ; pbwtCursorDestroy (uNew) ;
   free(x) ;
   return pNew ;
@@ -618,7 +620,6 @@ void pbwtCursorForwardsAPacked (PbwtCursor *u)
   memcpy (u->a+u->c, u->b, (u->M-u->c)*sizeof(int)) ;
 }
 
-
 /***************************************************/
 
 PBWT *pbwtSelectSites (PBWT *pOld, Array sites, BOOL isKeepOld)
@@ -630,6 +631,10 @@ PBWT *pbwtSelectSites (PBWT *pOld, Array sites, BOOL isKeepOld)
   PbwtCursor *uNew = pbwtCursorCreate (pNew, TRUE, TRUE) ;
   uchar *x = myalloc (pNew->M, uchar) ;
 
+  int nMissingSites = 0 ; 
+  uchar *xMissing = myalloc (pNew->M+1, uchar) ;
+  xMissing[pNew->M] = Y_SENTINEL ;  /* needed for efficient packing */
+
   pNew->sites = arrayCreate (arrayMax(sites), Site) ;
   while (ip < pOld->N && ia < arrayMax(sites))
     { if (sp->x < sa->x) 
@@ -648,19 +653,42 @@ PBWT *pbwtSelectSites (PBWT *pOld, Array sites, BOOL isKeepOld)
             }
           else if (!noAlt && sp->varD > sa->varD) { ++ia ; ++sa ; }
           else
-            { array(pNew->sites,pNew->N++,Site) = *sp ;
-              ++ip ; ++sp ; ++ia ; ++sa ;
+            { array(pNew->sites,pNew->N,Site) = *sp ;
               for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) x[uOld->a[j]] = uOld->y[j] ;
               pbwtCursorForwardsRead (uOld) ;
               for (j = 0 ; j < pNew->M ; ++j) uNew->y[j] = x[uNew->a[j]] ;
               pbwtCursorWriteForwards (uNew) ;
+
+              if (pOld->missingOffset)
+                { if (!pNew->missingOffset)
+                    { pNew->zMissing = arrayCreate (10000, uchar) ;
+                      array(pNew->zMissing, 0, uchar) = 0 ; /* needed so missing[] has offset > 0 */
+                      pNew->missingOffset = arrayCreate (1024, long) ;
+                    }
+                  if (!arr(pOld->missingOffset,ip,long)) bzero (xMissing, pNew->M) ;
+                  else unpack3 (arrp(pOld->zMissing, arr(pOld->missingOffset,ip,long), uchar), pNew->M, xMissing, 0) ;
+                  if (arr(pOld->missingOffset,ip,long))
+                    { 
+                      array(pNew->missingOffset,pNew->N,long) = arrayMax(pNew->zMissing) ;
+                      pack3arrayAdd (xMissing,pNew->M,pNew->zMissing) ; /* NB original order, not pbwt sort */
+                      nMissingSites++ ;
+                    }
+                  else
+                    array(pNew->missingOffset,pNew->N,long) = 0 ;
+                }
+              ++ip ; ++sp ; ++ia ; ++sa ; pNew->N++ ;
             }
         }
     }
   pbwtCursorToAFend (uNew, pNew) ;
+  free(xMissing) ;
+
+  // TODO: subset dosage
 
-  fprintf (logFile, "%d sites selected from %d, pbwt size for %d haplotypes is %ld\n", 
-	   pNew->N, pOld->N, pNew->M, arrayMax(pNew->yz)) ;
+  fprintf (logFile, "%d sites selected from %d, %d missing sites, pbwt size for %d haplotypes is %ld\n", 
+	   pNew->N, pOld->N, nMissingSites, pNew->M, arrayMax(pNew->yz)) ;
+
+  pNew->isX = pOld->isX ; pNew->isY = pOld->isY ;
 
   if (isKeepOld)
     { if (pOld->samples) pNew->samples = arrayCopy (pOld->samples) ;
@@ -674,6 +702,10 @@ PBWT *pbwtSelectSites (PBWT *pOld, Array sites, BOOL isKeepOld)
     else
       { pNew->chrom = pOld->chrom ; pOld->chrom = 0 ;
 	pNew->samples = pOld->samples ; pOld->samples = 0 ;
+        if (pOld->missingOffset) arrayDestroy (pOld->missingOffset) ;
+        pOld->missingOffset = 0 ;
+        if (pOld->zMissing) arrayDestroy (pOld->zMissing) ;
+        pOld->zMissing = 0 ;
 	pbwtDestroy (pOld) ;
       }
 
@@ -692,26 +724,39 @@ PBWT *pbwtRemoveSites (PBWT *pOld, Array sites, BOOL isKeepOld)
   PbwtCursor *uNew = pbwtCursorCreate (pNew, TRUE, TRUE) ;
   uchar *x = myalloc (pNew->M, uchar) ;
 
+  int nMissingSites = 0 ; 
+  uchar *xMissing = myalloc (pNew->M+1, uchar) ;
+  xMissing[pNew->M] = Y_SENTINEL ;  /* needed for efficient packing */
+
   pNew->sites = arrayCreate (arrayMax(sites), Site) ;
-  while (ip < pOld->N && ia < arrayMax(sites))
-    { if (sp->x < sa->x) 
-	{ array(pNew->sites,pNew->N++,Site) = *sp ;
-	  ++ip ; ++sp ;
-	  for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) x[uOld->a[j]] = uOld->y[j] ;
-	  pbwtCursorForwardsRead (uOld) ;
-	  for (j = 0 ; j < pNew->M ; ++j) uNew->y[j] = x[uNew->a[j]] ;
-	  pbwtCursorWriteForwards (uNew) ;
-	}
-      else if (sp->x > sa->x) { ++ia ; ++sa ; }
-      else if (sp->varD < sa->varD)
-	{ array(pNew->sites,pNew->N++,Site) = *sp ;
-	  ++ip ; ++sp ;
-	  for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) x[uOld->a[j]] = uOld->y[j] ;
-	  pbwtCursorForwardsRead (uOld) ;
-	  for (j = 0 ; j < pNew->M ; ++j) uNew->y[j] = x[uNew->a[j]] ;
-	  pbwtCursorWriteForwards (uNew) ;
-	}
-      else if (sp->varD > sa->varD) { ++ia ; ++sa ; }
+  while (ip < pOld->N)
+    { if (ia>=arrayMax(sites) || sp->x < sa->x || (sp->varD < sa->varD && sp->x <= sa->x)) 
+        { array(pNew->sites,pNew->N,Site) = *sp ;
+          for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) x[uOld->a[j]] = uOld->y[j] ;
+          pbwtCursorForwardsRead (uOld) ;
+          for (j = 0 ; j < pNew->M ; ++j) uNew->y[j] = x[uNew->a[j]] ;
+          pbwtCursorWriteForwards (uNew) ;
+
+          if (pOld->missingOffset)
+            { if (!pNew->missingOffset)
+                { pNew->zMissing = arrayCreate (10000, uchar) ;
+                  array(pNew->zMissing, 0, uchar) = 0 ; /* needed so missing[] has offset > 0 */
+                  pNew->missingOffset = arrayCreate (1024, long) ;
+                }
+              if (!arr(pOld->missingOffset,ip,long)) bzero (xMissing, pNew->M) ;
+              else unpack3 (arrp(pOld->zMissing, arr(pOld->missingOffset,ip,long), uchar), pNew->M, xMissing, 0) ;
+              if (arr(pOld->missingOffset,ip,long))
+                { 
+                  array(pNew->missingOffset,pNew->N,long) = arrayMax(pNew->zMissing) ;
+                  pack3arrayAdd (xMissing,pNew->M,pNew->zMissing) ; /* NB original order, not pbwt sort */
+                  nMissingSites++ ;
+                }
+              else
+                array(pNew->missingOffset,pNew->N,long) = 0 ;
+            }
+          ++ip ; ++sp ; pNew->N++ ;
+        }
+      else if (sp->x > sa->x || sp->varD > sa->varD) { ++ia ; ++sa ; }
       else
 	{ ++ip ; ++sp ; ++ia ; ++sa ;
 	  pbwtCursorForwardsRead (uOld) ;
@@ -719,8 +764,8 @@ PBWT *pbwtRemoveSites (PBWT *pOld, Array sites, BOOL isKeepOld)
     }
   pbwtCursorToAFend (uNew, pNew) ;
 
-  fprintf (logFile, "%d sites selected from %d, pbwt size for %d haplotypes is %ld\n", 
-	   pNew->N, pOld->N, pNew->M, arrayMax(pNew->yz)) ;
+  fprintf (logFile, "%d sites selected from %d, %d missing sites, pbwt size for %d haplotypes is %ld\n", 
+	   pNew->N, pOld->N, nMissingSites, pNew->M, arrayMax(pNew->yz)) ;
 
   if (isKeepOld)
     { if (pOld->samples) pNew->samples = arrayCopy (pOld->samples) ;
@@ -736,6 +781,7 @@ PBWT *pbwtRemoveSites (PBWT *pOld, Array sites, BOOL isKeepOld)
 	pNew->samples = pOld->samples ; pOld->samples = 0 ;
 	pbwtDestroy (pOld) ;
       }
+  pNew->isX = pOld->isX ; pNew->isY = pOld->isY ;
 
   free(x) ; pbwtCursorDestroy (uOld) ; pbwtCursorDestroy (uNew) ;
   return pNew ;
diff --git a/pbwtHtslib.c b/pbwtHtslib.c
index 5a42df1..0358659 100644
--- a/pbwtHtslib.c
+++ b/pbwtHtslib.c
@@ -11,7 +11,6 @@
  *-------------------------------------------------------------------
  */
 
-#include "utils.h"
 #include "pbwt.h"
 #include <htslib/synced_bcf_reader.h>
 #include <htslib/faidx.h>
@@ -28,37 +27,74 @@ static void readVcfSamples (PBWT *p, bcf_hdr_t *hr)
 
   p->samples = arrayCreate (p->M, int) ;
   for (i = 0 ; i < p->M/2 ; ++i)
-    { int k = sampleAdd (hr->samples[i],0,0,0) ;
+    { k = sampleAdd (hr->samples[i]) ;
       array(p->samples, 2*i, int) = k ; /* assume diploid - could be cleverer */
       array(p->samples, 2*i+1, int) = k ;
     }
 }
 
-static int variation (PBWT *p, const char *ref, const char *alt)
+static int variation (const char *ref, const char *alt)
 {
-  static char *buf = 0 ;
-  static int buflen = 0 ;
-  if (!buf) { buflen = 64 ; buf = myalloc (buflen, char) ; }
-  int var ;
-  if (strlen (ref) + strlen (alt) + 2 > buflen) 
-    { do buflen *= 2 ; while (strlen (ref) + strlen (alt) + 2 > buflen) ;
-      free (buf) ; buf = myalloc (buflen, char) ;
-    }
+  int var, len = strlen (ref) + strlen (alt) + 2;
+  char *buf = (char*) malloc(len);
   sprintf (buf, "%s\t%s", ref, alt) ;
+  char *ptr = buf;
+  while ( *ptr ) { *ptr = toupper(*ptr); ptr++; }
   dictAdd (variationDict, buf, &var) ;
+  free(buf);
   return var ;
 }
 
-PBWT *pbwtReadVcfGT (char *filename)  /* read GTs from vcf/bcf using htslib */
+
+PBWT *pbwtReadVcfGT (char *filename, int isXY)  /* read GTs from vcf/bcf using htslib */
 {
-  int i, j ;
+  int i, j, nHaplotypes, nSamplesKeep ;
+  PBWT *p ;
 
   bcf_srs_t *sr = bcf_sr_init() ;
   if (!bcf_sr_add_reader (sr, filename)) die ("failed to open good vcf file\n") ;
 
   bcf_hdr_t *hr = sr->readers[0].header ;
-  PBWT *p = pbwtCreate (bcf_hdr_nsamples(hr)*2, 0) ; /* assume diploid! */
-  readVcfSamples (p, hr) ;
+  int nSamples = bcf_hdr_nsamples(hr) ;
+
+  Array samples = arrayCreate (nSamples, int) ;
+  Array ploidy = arrayCreate (nSamples, int) ;
+  
+  // read in samples from the header
+  // use the isX/isY flags plus sample
+  // sex information loaded previously
+  // to determine number of haplotypes
+  // and assign a per-sample ploidy
+  for (i = 0, nHaplotypes = 0, nSamplesKeep = 0 ; i < nSamples ; ++i)
+    {
+      int k = array(samples,i,int) = sampleAdd (hr->samples[i]) ;
+      Sample *s = sample (k) ; 
+      array(ploidy, i, int) = 0 ;
+      if (isXY==1 && s->isFemale) continue ;
+      array(ploidy, i, int)++ ;
+      nSamplesKeep++ ;
+      nHaplotypes++ ;
+      if (isXY==1 || (isXY==2 && s->isMale)) continue ;
+      nHaplotypes++ ;
+      array(ploidy, i, int)++ ;
+    }
+  // create the PBWT
+  p = pbwtCreate(nHaplotypes, 0) ;
+  p->samples = arrayReCreate(p->samples, p->M, int) ;
+  if (isXY==2) p->isX = TRUE ;
+  if (isXY==1) p->isY = TRUE ;
+
+  // fill in the p->samples array
+  for (i = 0, j = 0 ; i < nSamples ; ++i)
+    {
+      int iploidy = arr(ploidy, i, int) ;
+      if (!iploidy) continue ; // sample ploidy 0, do not store in PBWT
+      array(p->samples, j++, int) = arr(samples,i,int) ;
+      if (iploidy==1) continue ;
+      array(p->samples, j++, int) = arr(samples,i,int) ;
+    }
+  arrayDestroy (samples) ;
+
   p->sites = arrayCreate (10000, Site) ;
   PbwtCursor *u = pbwtCursorCreate (p, TRUE, TRUE) ;
   uchar *x = myalloc (p->M, uchar) ;
@@ -75,47 +111,113 @@ PBWT *pbwtReadVcfGT (char *filename)  /* read GTs from vcf/bcf using htslib */
       if (!p->chrom) p->chrom = strdup (chrom) ;
       else if (strcmp (chrom, p->chrom)) break ;
       int pos = line->pos + 1 ;       // bcf coordinates are 0-based
-      char *ref, *REF; 
-      ref = REF = strdup(line->d.allele[0]);
-      while ( (*ref = toupper(*ref)) ) ++ref ;
 
       // get a copy of GTs
       int ngt = bcf_get_genotypes(hr, line, &gt_arr, &mgt_arr) ;
       if (ngt <= 0) continue ;  // it seems that -1 is used if GT is not in the FORMAT
-      if (ngt != p->M && p->M != 2*ngt) die ("%d != %d GT values at %s:%d - not haploid or diploid?", 
-          ngt, p->M, chrom, pos) ;
-
+      if (ngt != nSamples && ngt != 2*nSamples) die ("%d != %d GT values at %s:%d - not haploid or diploid?",  ngt, nSamples, chrom, pos) ;
+      
       memset (xMissing, 0, p->M) ;
       long wasMissing = nMissing ;
+
       /* copy the genotypes into array x[] */
-      if (p->M == 2*ngt) // all GTs haploid: treat haploid genotypes as diploid homozygous A/A
+      if (ngt == nSamples) 
         {
-          for (i = 0 ; i < ngt ; i++)
-            { if (gt_arr[i] == bcf_gt_missing)
-                { x[2*i] = 0 ;
-                  x[2*i+1] = 0; /* use ref for now */
-                  xMissing[2*i] = 1 ;
-                  xMissing[2*i+1] = 1;
-                  nMissing+=2 ;
+          /*
+            All GTs are stored as haploid:
+            - sample ploidy 0, do not store in PBWT
+            - sample ploidy 2, treat haploid genotype as diploid homozygous A/A
+            - sample ploidy 1, treat haploid genotype as is
+          */
+          for (i = 0, j = 0 ; i < nSamples ; i++)
+            {
+              int iploidy = arr(ploidy, i, int) ;
+              if (!iploidy) continue ; // sample ploidy 0, do not store in PBWT
+              if (iploidy==2) // sample ploidy 2, treat haploid genotype as diploid homozygous A/A
+                {
+                  if (gt_arr[i] == bcf_gt_missing)
+                    { x[j] = 0 ;
+                      x[j+1] = 0; /* use ref for now */
+                      xMissing[j] = 1 ;
+                      xMissing[j+1] = 1;
+                      nMissing+=2 ;
+                    }
+                  else {
+                    x[j] = bcf_gt_allele(gt_arr[i]) ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
+                    x[j+1] = x[j] ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
+                  }
                 }
-              else {
-                x[2*i] = bcf_gt_allele(gt_arr[i]) ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
-                x[2*i+1] = x[2*i] ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
-              }
+              else // sample ploidy 1, treat haploid genotype as is
+                {
+                  if (gt_arr[i] == bcf_gt_missing)
+                    { x[j] = 0 ; /* use ref for now */
+                      xMissing[j] = 1 ;
+                      ++nMissing ;
+                    }
+                  else 
+                    x[j] = bcf_gt_allele(gt_arr[i]) ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
+                }
+              j += iploidy ;
             }
         }
       else
         {
-          for (i = 0 ; i < p->M ; i++)
-            { if (gt_arr[i] == bcf_int32_vector_end) 
-                x[i] = bcf_gt_allele(gt_arr[i-1]); // treat haploid genotypes as diploid homozygous A/A
-              if (gt_arr[i] == bcf_gt_missing)
-                { x[i] = 0 ; /* use ref for now */
-                  xMissing[i] = 1 ;
-                  ++nMissing ;
+          /*
+            GTs are stored as diploid or mixture of diploid/haploid:
+            - sample ploidy 0, do not store in PBWT
+            - sample ploidy 2 and GT diploid, treat as is
+            - sample ploidy 2 and GT haploid, convert to diploid homozygous A/A
+            - sample ploidy 1 and GT haploid, treat as is
+            - sample ploidy 1 and GT diploid homozygous, set to haploid A
+            - sample ploidy 1 and GT diploid heterozygous, set to missing
+          */
+          for (i = 0, j = 0 ; i < ngt ; i+=2)
+            {
+              int iploidy = arr(ploidy, i/2, int) ;
+              if (!iploidy) continue ; // sample ploidy 0, do not store in PBWT
+              if (iploidy==2)
+                { if (gt_arr[i] != bcf_gt_missing && gt_arr[i+1] == bcf_int32_vector_end) 
+                    {
+                      x[j]   = bcf_gt_allele(gt_arr[i]); // sample ploidy 2 and GT haploid, convert to diploid homozygous A/A
+                      x[j+1] = bcf_gt_allele(gt_arr[i]);
+                    }
+                  else if (gt_arr[i] == bcf_gt_missing)
+                    {
+                      x[j] = 0 ; /* use ref for now */
+                      x[j+1] = 0 ;
+                      xMissing[j] = 1 ;
+                      xMissing[j+1] = 1 ;
+                      ++nMissing ;
+                    }
+                  else
+                  {
+                    x[j] = bcf_gt_allele(gt_arr[i]) ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
+                    x[j+1] = bcf_gt_allele(gt_arr[i+1]) ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
+                  }
+                }
+              else // if sample ploidy marked as haploid, treat haploid genotypes as is
+                {
+                  int a1 = bcf_gt_allele(gt_arr[i]) ;
+                  int a2 = bcf_gt_allele(gt_arr[i+1]) ;
+                  if (a1 == a2 || gt_arr[i+1] == bcf_int32_vector_end) 
+                    {
+                      if (gt_arr[i] == bcf_gt_missing)
+                        {
+                          x[j] = 0 ; /* use ref for now */
+                          xMissing[j] = 1 ;
+                          ++nMissing ;
+                        }
+                      else
+                        x[j] = a1 ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
+                    }
+                  else
+                  {
+                    x[j] = a1 ;
+                    xMissing[j] = 1 ;
+                    ++nMissing ;
+                  }
                 }
-              else 
-                x[i] = bcf_gt_allele(gt_arr[i]) ;  // convert from BCF binary to 0 or 1
+              j += iploidy ;
             }
         }
 
@@ -126,10 +228,6 @@ PBWT *pbwtReadVcfGT (char *filename)  /* read GTs from vcf/bcf using htslib */
       /* not in the REF/ALT site */
       for (i = 1 ; i < n_allele ; i++)
         {
-          char *alt, *ALT; 
-          alt = ALT = no_alt ? "." : strdup(line->d.allele[i]) ;
-          if (!no_alt) while ( (*alt = toupper(*alt)) ) ++alt ;
-
           /* and pack them into the PBWT */
           for (j = 0 ; j < p->M ; ++j) u->y[j] = x[u->a[j]] == i ? 1 : 0;
           pbwtCursorWriteForwards (u) ;
@@ -145,26 +243,32 @@ PBWT *pbwtReadVcfGT (char *filename)  /* read GTs from vcf/bcf using htslib */
               pack3arrayAdd (xMissing, p->M, p->zMissing) ; /* NB original order, not pbwt sort */
               nMissingSites++ ;
             }
-          else if (nMissing)
+          else if (nMissing) 
             array(p->missingOffset, p->N, long) = 0 ;
 
           // add the site
           Site *s = arrayp(p->sites, p->N++, Site) ;
           s->x = pos ;
-          s->varD = variation (p, REF, ALT) ;          
+          s->varD = variation (line->d.allele[0], no_alt ? "." : line->d.allele[i]) ;
         }
 
       if (nCheckPoint && !(p->N % nCheckPoint))  pbwtCheckPoint (u, p) ;
     }
+
+
+  fflush(stdout);
+
   pbwtCursorToAFend (u, p) ;
 
+  arrayDestroy (ploidy) ;
   if (gt_arr) free (gt_arr) ;
   bcf_sr_destroy (sr) ;
-  free (x) ; pbwtCursorDestroy (u) ;  
+  free (x) ;
+  pbwtCursorDestroy (u) ;  
   free (xMissing) ;
 
-  fprintf (logFile, "read genotypes from %s with %ld sample names and %ld sites on chromosome %s: M, N are %d, %d\n", 
-         filename, arrayMax(p->samples)/2, arrayMax(p->sites), p->chrom, p->M, p->N) ;
+  fprintf (logFile, "read genotypes from %s with %d sample names and %ld sites on chromosome %s: M, N are %d, %d\n", 
+         filename, nSamplesKeep, arrayMax(p->sites), p->chrom, p->M, p->N) ;
   if (p->missingOffset) fprintf (logFile, "%ld missing values at %d sites\n", 
          nMissing, nMissingSites) ;
 
@@ -239,11 +343,11 @@ void pbwtWriteVcf (PBWT *p, char *filename, char *referenceFasta, char *mode)
   htsFile *fp = NULL ;
   bcf_hdr_t *bcfHeader = NULL ;
 
-  fp = hts_open(filename,mode) ;
-  if (!fp) die ("could not open file for writing: %s", filename) ;
   if (!p) die ("pbwtWriteVcf called without a valid pbwt") ;
   if (!p->sites) die ("pbwtWriteVcf called without sites") ;
   if (!p->samples) fprintf (logFile, "Warning: pbwtWriteVcf called without samples... using fake sample names PBWT0, PBWT1 etc...\n") ;
+  fp = hts_open(filename,mode) ;
+  if (!fp) die ("could not open file for writing: %s", filename) ;
   BOOL isDosage = p->dosageOffset ? TRUE : FALSE ;
 
   // write header
@@ -274,36 +378,42 @@ void pbwtWriteVcf (PBWT *p, char *filename, char *referenceFasta, char *mode)
     {
       bcf_hdr_append(bcfHeader, "##INFO=<ID=RefPanelAF,Number=A,Type=Float,Description=\"Allele frequency in imputation reference panel\">") ;
       bcf_hdr_append(bcfHeader, "##INFO=<ID=DR2,Number=A,Type=Float,Description=\"Estimated haploid dosage r^2 from imputation\">") ;
-      bcf_hdr_append(bcfHeader, "##FORMAT=<ID=ADS,Number=R,Type=Float,Description=\"Allele dosage\">") ;
+      bcf_hdr_append(bcfHeader, "##INFO=<ID=TYPED,Number=0,Type=Flag,Description=\"Site was genotyped prior to imputation\">") ;
+      bcf_hdr_append(bcfHeader, "##FORMAT=<ID=ADS,Number=.,Type=Float,Description=\"Allele dosage per haplotype\">") ;
       bcf_hdr_append(bcfHeader, "##FORMAT=<ID=DS,Number=1,Type=Float,Description=\"Genotype dosage\">") ;
       bcf_hdr_append(bcfHeader, "##FORMAT=<ID=GP,Number=G,Type=Float,Description=\"Genotype posterior probabilities\">") ;
     }
   
-  int i, j ;
-  for (i = 0 ; i < p->M/2 ; ++i)
+  int i, j, k ;
+  for (i = 0, j = 0 ; i < p->M ; i += pbwtSamplePloidy (p, i))
     {
       if (p->samples)
-        bcf_hdr_add_sample(bcfHeader, sampleName(sample (p, 2*i))) ;
+        bcf_hdr_add_sample(bcfHeader, sampleName(pbwtSample (p, i))) ;
       else
         {
           kstring_t sname = {0,0,0} ;
-          ksprintf(&sname, "PBWT%d", i) ;
+          ksprintf(&sname, "PBWT%d", j++) ;
           bcf_hdr_add_sample(bcfHeader, sname.s) ;
           free(sname.s) ;
         }
     }
   bcf_hdr_add_sample(bcfHeader, 0) ; /* required to update internal structures */
   bcf_hdr_write(fp, bcfHeader) ;
+  int nSamples = bcf_hdr_nsamples(bcfHeader) ;
+  BOOL allHaploid = nSamples == p->M ; // all haploid, nSamples == nHaplotypes
+  int nG = allHaploid ? 2*nSamples : 3*nSamples ; // length of a Number=G FORMAT vector
 
   bcf1_t *bcfRecord = bcf_init1() ;
   uchar *hap = myalloc (p->M, uchar) ;
-  int32_t *gts = myalloc (p->M, int32_t) ;
+  int32_t *gts = myalloc (allHaploid ? nSamples : 2*nSamples, int32_t) ;
   PbwtCursor *u = pbwtCursorCreate (p, TRUE, TRUE) ;
   double *d = 0 ;
-  double *gps = isDosage ? myalloc (3*p->M/2, double) : NULL;
-  double *ds = isDosage ? myalloc (p->M/2, double) : NULL;
+  double *gps = isDosage ? myalloc (nG, double) : NULL;
+  double *ds = isDosage ? myalloc (nSamples, double) : NULL;
   double *ad = isDosage ? myalloc (p->M, double) : NULL;
-  float *fls = myalloc (3*p->M/2, float);
+  float *fls = myalloc (3*nSamples, float);
+  uchar *missing = mycalloc (p->M, uchar) ;
+  if (!p->missingOffset) bzero (missing, p->M) ;
 
   for (i = 0 ; i < p->N ; ++i)
     {
@@ -317,6 +427,12 @@ void pbwtWriteVcf (PBWT *p, char *filename, char *referenceFasta, char *mode)
       free(als) ;
       bcf_add_filter(bcfHeader, bcfRecord, bcf_hdr_id2int(bcfHeader, BCF_DT_ID, "PASS")) ;
 
+      if (p->missingOffset)
+        {
+          if (!arr(p->missingOffset, i, long)) bzero (missing, p->M) ;
+          else unpack3 (arrp(p->zMissing, arr(p->missingOffset,i,long), uchar), p->M, missing, 0) ;
+        }
+
       if (isDosage) d = pbwtDosageRetrieve (p, u, d, i) ;
       // map haplotypes and dosages to sample order
       for (j = 0 ; j < p->M ; ++j)
@@ -324,34 +440,82 @@ void pbwtWriteVcf (PBWT *p, char *filename, char *referenceFasta, char *mode)
           hap[u->a[j]] = u->y[j] ;
           if (isDosage) ad[u->a[j]] = d[j] ;
         }
+
+      /*
+        The dosages d are actually posterior probabilities per haplotype
+        Diploid genotype dosage:
+          gd[n] = d[2*n] + d[2*n+1]
+        Haploid genotype dosage:
+          gd[n] = d[n]
+        Diploid genotype posterior probabilities:
+          gp[n][0] = (1-d[2*n]) * (1-d[2*n+1])
+          gp[n][1] = d[2*n] + d[2*n+1] - 2*d[2*n]*d[2*n+1]
+          gp[n][2] = d[2*n] * d[2*n+1]
+        Haploid genotype posterior probabilities:
+          gp[n][0] = 1-d[n]
+          gp[n][1] = d[n]
+      */
+
       int ac[2] = {0,0};
       float raf = s->refFreq;
       float info = s->imputeInfo;
-      for (j = 0 ; j < p->M ; j+=2)
+      if (allHaploid)
         {
-          // todo: handle missing data
-          /* these are actually posterior probabilities per haplotype
-           to get dosages for a genotype, add the two values, e.g. dg[n] = d[2*n] + d[2*n+1]
-           to get genotype likelihoods 
-           gl[n][0] = (1-d[2*n]) * (1-d[2*n+1])
-           gl[n][1] = d[2*n] + d[2*n+1] - 2*d[2*n]*d[2*n+1]
-           gl[n][2] = d[2*n] * d[2*n+1]
-          */
-          if (isDosage)
+          for (j = 0 ; j < p->M ; j++)
+            {
+              if (isDosage)
+                {
+                   ds[j] = ad[j] ;
+                   gps[2*j] = 1-ad[j] ;
+                   gps[2*j+1] = ad[j] ;
+                }
+              if (hap[j]<0)
+                gts[j] = bcf_gt_missing ;
+              else
+                {
+                  gts[j] = bcf_gt_unphased(hap[j]) ;
+                  ac[hap[j]]++ ;
+                }
+            }
+        }
+      else
+        {
+          for (j = 0, k = 0 ; j < p->M ; k+=2)
             {
-               ds[j/2] = ad[j] + ad[j+1] ;
-               gps[3*j/2] = (1-ad[j]) * (1-ad[j+1]) ;
-               gps[3*j/2+1] = ad[j] + ad[j+1] - 2*ad[j]*ad[j+1] ;
-               gps[3*j/2+2] = ad[j] * ad[j+1] ;
+              int ploidy = pbwtSamplePloidy (p, j) ;
+              if (isDosage)
+                {
+                  ds[k/2] = ploidy==1 ? ad[j] : ad[j] + ad[j+1] ;
+                  gps[3*k/2] = ploidy==1 ? 1-ad[j] : (1-ad[j]) * (1-ad[j+1]) ;
+                  gps[3*k/2+1] = ploidy==1 ? ad[j] : ad[j] + ad[j+1] - 2*ad[j]*ad[j+1] ;
+                  gps[3*k/2+2] = ploidy==1 ? -1 : ad[j] * ad[j+1] ; // encode vector end as -1 for conversion to bcf_float_vector_end later
+                }
+              if (missing[j])
+                gts[k] = bcf_gt_missing ;
+              else
+                {
+                  gts[k] = bcf_gt_unphased(hap[j]) ;
+                  ac[hap[j]]++ ;
+                }
+              if (ploidy==2)
+                {
+                  if (missing[j+1])
+                    gts[k+1] = bcf_gt_missing ;
+                  else
+                    {
+                      gts[k+1] = p->isUnphased ? bcf_gt_unphased(hap[j+1]) : bcf_gt_phased(hap[j+1]) ;
+                      ac[hap[j+1]]++ ;
+                    }
+                }
+              else
+                  gts[k+1] = bcf_int32_vector_end ;
+
+              j += ploidy ;
             }
-          gts[j] = bcf_gt_unphased(hap[j]) ;
-          gts[j+1] = p->isUnphased ? bcf_gt_unphased(hap[j+1]) : bcf_gt_phased(hap[j+1]) ;
-          ac[hap[j]]++ ;
-          ac[hap[j+1]]++ ;
         }
       int an = ac[0] + ac[1] ;
 
-      if ( bcf_update_genotypes(bcfHeader, bcfRecord, gts, p->M) ) die("Could not update GT field\n");
+      if ( bcf_update_genotypes(bcfHeader, bcfRecord, gts, allHaploid ? nSamples : 2*nSamples) ) die("Could not update GT field\n");
       if (p->isRefFreq)
           if ( bcf_update_info_float(bcfHeader, bcfRecord, "RefPanelAF", &raf, 1) ) die("Could not update INFO/RefPanelAF field\n") ;
       if (isDosage)
@@ -361,20 +525,40 @@ void pbwtWriteVcf (PBWT *p, char *filename, char *referenceFasta, char *mode)
           // dosages stored as double, but BCF required floats
           // may be a better way to handle this, but it works
           // for the moment
-          for (k = 0 ; k < p->M ; ++k)
-            fls[k] = (float)(ad[k]) ;
-          if ( bcf_update_format_float(bcfHeader, bcfRecord, "ADS", fls, p->M) ) die("Could not update FORMAT/ADS field\n") ;
-          for (k = 0 ; k < p->M/2 ; ++k)
-            fls[k] = (float)(ds[k]) ;
-          if ( bcf_update_format_float(bcfHeader, bcfRecord, "DS", fls, p->M/2) ) die("Could not update FORMAT/DS field\n") ;
-          for (k = 0 ; k < 3*p->M/2 ; ++k)
-            fls[k] = (float)(gps[k]) ;
-          if ( bcf_update_format_float(bcfHeader, bcfRecord, "GP", fls, 3*p->M/2) ) die("Could not update FORMAT/GP field\n") ;
+          if (allHaploid)
+            {
+              for (k = 0 ; k < nSamples ; ++k)
+                fls[k] = (float)(ad[k]) ;
+              if ( bcf_update_format_float(bcfHeader, bcfRecord, "ADS", fls, nSamples) ) die("Could not update FORMAT/ADS field\n") ;
+            }
+          else
+          {
+            for (j = 0, k = 0 ; j < p->M ; k+=2)
+              {
+                int ploidy = pbwtSamplePloidy (p, j) ;
+                fls[k] = (float)(ad[j++]) ;
+                if (ploidy==1)
+                  bcf_float_set_vector_end(fls[k+1]) ;
+                else
+                  fls[k+1] = (float)(ad[j++]) ;
+              }
+            if ( bcf_update_format_float(bcfHeader, bcfRecord, "ADS", fls, 2*nSamples) ) die("Could not update FORMAT/ADS field\n") ;
+          }
+          for (j = 0 ; j < nSamples ; ++j)
+            fls[j] = (float)(ds[j]) ;
+          if ( bcf_update_format_float(bcfHeader, bcfRecord, "DS", fls, nSamples) ) die("Could not update FORMAT/DS field\n") ;
+          for (j = 0 ; j < nG ; ++j) {
+            if (gps[j]<0)
+              bcf_float_set_vector_end(fls[j]) ;
+            else
+              fls[j] = (float)(gps[j]) ;
+          }
+          if ( bcf_update_format_float(bcfHeader, bcfRecord, "GP", fls, nG) ) die("Could not update FORMAT/GP field\n") ;
         }
 
-      // example of adding INFO fields
       bcf_update_info_int32(bcfHeader, bcfRecord, "AC", &ac[1], 1) ;
       bcf_update_info_int32(bcfHeader, bcfRecord, "AN", &an, 1) ;
+      if (!s->isImputed) bcf_update_info_flag(bcfHeader, bcfRecord, "TYPED", NULL, 1) ;
 
       //write and progress
       bcf_write(fp, bcfHeader, bcfRecord) ;
@@ -384,15 +568,17 @@ void pbwtWriteVcf (PBWT *p, char *filename, char *referenceFasta, char *mode)
     }
 
   // cleanup
+  free(d) ;
   free(hap) ;
   free(gts) ;
+  free(missing) ;
   if (isDosage) { free(fls) ; free(gps) ; free(ds) ; free(ad) ; }
-  /*  pbwtCursorDestroy(u) ; */
+  pbwtCursorDestroy(u) ; // this was commented, not sure why??
   bcf_hdr_destroy(bcfHeader) ;
   bcf_destroy1(bcfRecord);
   hts_close(fp) ;
 
-  fprintf (logFile, "written vcf file: %d records and %d samples\n", p->N, p->M/2) ;
+  fprintf (logFile, "written vcf file: %d records, %d samples, and %d haplotypes\n", p->N, nSamples, p->M) ;
 }
 
 /******* end of file ********/
diff --git a/pbwtIO.c b/pbwtIO.c
index d248f00..7392e72 100644
--- a/pbwtIO.c
+++ b/pbwtIO.c
@@ -80,18 +80,15 @@ void pbwtWriteSamples (PBWT *p, FILE *fp)
 {
   if (!p || !p->samples) die ("pbwtWriteSamples called without samples") ;
 
-  int i ;
-  for (i = 0 ; i < p->M ; i += 2) /* assume diploid for now */
-    { Sample *s = sample (p, i) ;
-      fprintf (fp, "%s", sampleName(s)) ;
-      if (s->popD) fprintf (fp, "\tPOP:%s", popName(s)) ;
-      if (s->mother) fprintf (fp, "\tMOTHER:%s", sampleName(sample (p, s->mother))) ;
-      if (s->father) fprintf (fp, "\tFATHER:%s", sampleName(sample (p, s->father))) ;
-      fputc ('\n', fp) ;
+  static const char *typeStr = "\0ifZ" ;
+  int i, j, count = 0 ;
+  for (i = 0 ; i < p->M ; i += pbwtSamplePloidy (p, i), count++)
+    { Sample *s = sample (arr(p->samples, i, int)) ;
+      writeMetaData(sampleName(s), s->metaData, fp) ;
     }     
   if (ferror (fp)) die ("error writing samples file") ;
 
-  fprintf (logFile, "written %d samples\n", p->M/2) ;
+  fprintf (logFile, "written %d samples\n", count) ;
 }
 
 void writeDataOffset (FILE *fp, char *name, Array data, Array offset, int N)
@@ -188,6 +185,7 @@ PBWT *pbwtRead (FILE *fp)
   if (fread (&m, sizeof(int), 1, fp) != 1) die ("error reading m in pbwtRead") ;
   if (fread (&n, sizeof(int), 1, fp) != 1) die ("error reading n in pbwtRead") ;
   p = pbwtCreate (m, n) ;
+  free(p->aFstart);
   if (version > 1)		/* read aFstart and aFend */
     { p->aFstart = myalloc (m, int) ;
       if (fread (p->aFstart, sizeof(int), m, fp) != m) die ("error reading aFstart in pbwtRead") ;
@@ -309,50 +307,161 @@ void pbwtReadRefFreq (PBWT *p, FILE *fp)
     }
 }
 
-Array pbwtReadSamplesFile (FILE *fp) /* for now assume all samples diploid */
-/* should add code to this to read father and mother and population
-   propose to use IMPUTE2 format for this */
-{
-  char *name, c ;
-  int line = 0 ;
-  Array nameArray = arrayCreate (1024, char) ;
+// Array pbwtReadSamplesFile (FILE *fp) /* for now assume all samples diploid */
+// /* should add code to this to read father and mother and population
+//    propose to use IMPUTE2 format for this */
+// {
+//   char *name, c ;
+//   int line = 0 ;
+//   Array nameArray = arrayCreate (1024, char) ;
+//   Array samples = arrayCreate (1024, int) ;
+
+//   while (!feof(fp))
+//     { int n = 0 ;
+//       while ((c = getc(fp)) && !isspace(c) && !feof (fp)) array(nameArray, n++, char) = c ;
+//       if (feof(fp)) break ;
+//       if (!n) die ("no name line %ld in samples file", arrayMax(samples)+1) ;
+//       array(nameArray, n++, char) = 0 ;
+//      /* next bit of code deals with header lines for IMPUTE2 samples file, so can read that */
+//       if (!strcmp (arrp(nameArray,0,char), "ID_1") && !arrayMax(samples))
+// 	{ while ((c = getc(fp)) && c != '\n' && !feof(fp)) ; /* remove header line */
+// 	  while ((c = getc(fp)) && c != '\n' && !feof(fp)) ; /* and next line of zeroes?? */
+// 	  continue ;
+// 	}
+//       array(samples,arrayMax(samples),int) = sampleAdd(arrp(nameArray,0,char), 0, 0, 0, 0, 0)->nameD ;
+//       /* now remove the rest of the line, for now */
+//       while (c != '\n' && !feof(fp)) c = getc(fp) ;
+//     }
+//   arrayDestroy (nameArray) ;
+
+//   fprintf (logFile, "read %ld sample names\n", arrayMax(samples)) ;
+
+//   return samples ;
+// }
+
+  /*
+     FMF format - tab delimited flat metadata format where first column is the 
+     sample name followed by metadata in the format key:type:value with type 
+     being Z for a string, f for a real number and i for an integer:
+      sample1   sex:Z:M    height:f:1.73     region:Z:WestEurasia     foo:i:10
+      sample2   sex:Z:F    height:f:1.64     region:Z:WestEurasia     bar:i:20
+  */
+
+  /*
+     FAM format - first 6 columns of the PED format (used for binary PED format). space delimited with no header:
+     1. Family ID
+     2. Individual ID
+     3. Paternal ID
+     4. Maternal ID
+     5. Sex (1=male; 2=female; other=unknown)
+     6. Phenotype (-1=missing; 0=missing; 1=unaffected; 2=affected)
+  */
+
+  /*
+     HAPS/SAMPLE and GEN/SAMPLE format - space delimited with at least 3 columns with 2 header lines:
+     1. individual ID 1 (ID_1)
+     2. individual ID 2 (ID_2)
+     3. missing data proportion (missing)
+     4-. ignored, covariates named in the first header line and type defined in the second header line
+         (0=for first 3 columns; D=discrete covariate (unsigned int); C=continuous covariate (float); P=continuous phenotype (float); B=binary phenotype (0 or 1))
+  */
+
+  /*
+     HAPS/LEGEND/SAMPLE format - space delimited with at least 4 columns with 1 header line :
+     1. individual ID (sample)
+     2. group ID 1 (population)
+     3. group ID 2 (group)
+     4. sex (1=male; 2=female; other=unknown)
+     5-. ignored
+  */
+     
+Array pbwtReadSamplesFile (FILE *fp) {
+  // populate sample fields from FMF sample file
+  char *line = calloc(1024, sizeof(char)); line[0] = '\0';
+  char *key = calloc(128, sizeof(char)); key[0] = '\0';
+  char *value = calloc(128, sizeof(char)); value[0] = '\0';
+  char *name = calloc(128, sizeof(char)); name[0] = '\0';
+  char *str;
+  char type;
+
   Array samples = arrayCreate (1024, int) ;
 
-  while (!feof(fp))
-    { int n = 0 ;
-      while ((c = getc(fp)) && !isspace(c) && !feof (fp)) array(nameArray, n++, char) = c ;
-      if (feof(fp)) break ;
-      if (!n) die ("no name line %ld in samples file", arrayMax(samples)+1) ;
-      array(nameArray, n++, char) = 0 ;
-      /* next bit of code deals with header lines for IMPUTE2 samples file, so can read that */
-      if (!strcmp (arrp(nameArray,0,char), "ID_1") && !arrayMax(samples))
-	{ while ((c = getc(fp)) && c != '\n' && !feof(fp)) ; /* remove header line */
-	  while ((c = getc(fp)) && c != '\n' && !feof(fp)) ; /* and next line of zeroes?? */
-	  continue ;
-	}
-      array(samples,arrayMax(samples),int) = sampleAdd (arrp(nameArray,0,char), 0, 0, 0) ;
-      /* now remove the rest of the line, for now */
-      while (c != '\n' && !feof(fp)) c = getc(fp) ;
+  while (1) {
+    char *rmme = line;
+    line = fgets(line, 1024, fp);
+    if ( !line ) free(rmme);
+    if(feof(fp)) break;
+    else if(sscanf(line, "ID_1%s", name)) { // IMPUTE2 file
+      die("IMPUTE2 style sample files not yet supported - coming soon");
     }
-  arrayDestroy (nameArray) ;
-
+    else { // FMF file (single column valid)
+      str = strtok(line, "\t\n"); // test it works with single column
+      strcpy(name, str);
+      int v, k = array(samples,arrayMax(samples),int) = sampleAdd(name) ;
+      Sample *s = sample (k) ;
+      while(str = strtok(0, "\t\n"))
+      {
+        if(sscanf(str, "%127[^:]:%1[^:]:%127[^:]", key, &type, value) == 3)
+        {
+            addMetaData(s->metaData, key, value, type) ;
+        }
+        if(!strcasecmp(key, "mother")) { mother (s, value) ; }
+        if(!strcasecmp(key, "father")) { father (s, value) ; }
+        if(!strcasecmp(key, "family")||!strcasecmp(key, "familyID")) { familyName (s, value) ; }
+        if(!strcasecmp(key, "pop")||!strcasecmp(key, "population")) { popName (s, value) ; }
+        if(!strcasecmp(key, "gender")||!strcasecmp(key, "sex"))
+        {
+          if(!strcasecmp(value, "M")||!strcasecmp(value, "male")) s->isMale = TRUE ;
+          if(!strcasecmp(value, "F")||!strcasecmp(value, "female")) s->isFemale = TRUE ;
+        }
+      }
+    }    
+  }
+  free(line); free(key); free(value); free(name);
   fprintf (logFile, "read %ld sample names\n", arrayMax(samples)) ;
-
   return samples ;
 }
 
 void pbwtReadSamples (PBWT *p, FILE *fp)
 {
   if (!p) die ("pbwtReadSamples called without a valid pbwt") ;
+
   Array samples = pbwtReadSamplesFile (fp) ;
-  if (arrayMax(samples) != p->M/2) 
-    die ("wrong number of diploid samples: %d needed", p->M/2) ;
+  int i,j, count_x2 = 0, count_x1 = 0, count_y1 = 0, count_y0 = 0, count2 = 0; 
   p->samples = arrayReCreate(p->samples, p->M, int) ;
-  int i ; 
-  for (i = 0 ; i < arrayMax(samples) ; ++i)
-    { array(p->samples, 2*i, int) = arr(samples, i, int) ;
-      array(p->samples, 2*i+1, int) = arr(samples, i, int) ;
-    }
+
+  for (i=0; i<arrayMax(samples); i++)
+  {
+      int k = arr(p->samples, i, int);
+      Sample *s = sample (k) ;
+      if ( s->isFemale ) { count_x2++; count_y0++; count2++; }
+      else { count_x1++; count_y1++; count2++; }
+  }
+
+  if ( 2*count2 == p->M )
+      fprintf (logFile, "Note: number of haplotypes (%ld) is consistent with %d diploid samples\n", arrayMax(samples), p->M) ;
+  else if ( 2*count_x2 + count_x1 == p->M )
+  {
+      p->isX = TRUE;
+      fprintf (logFile, "Note: number of haplotypes (%d) is consistent with %d haploid and %d diploid samples\n", p->M, count_x1,count_x2) ;
+  }
+  else if ( count_y1 == p->M )
+  {
+      p->isY = TRUE;
+      fprintf (logFile, "Note: number of haplotypes (%d) consistent with %d haploid samples and %d samples with zero ploidy\n", p->M, count_y1,count_y0) ;
+  }
+  else
+      die ("number of haplotypes (%d) is not consistent with the number of samples (%ld): expected %d, %d or %d haplotypes", p->M, arrayMax(samples),count2,2*count_x2 + count_x1,count_y1) ;
+
+  for (i=0,j=0; i<arrayMax(samples); i++)
+  {
+      int k = arr(samples, i, int);
+      Sample *s = sample (k) ;
+      if (p->isY && s->isFemale) continue ;
+      array(p->samples, j++, int) = k ;
+      if (p->isX && s->isMale) continue ;
+      array(p->samples, j++, int) = k ;
+  }
   arrayDestroy (samples) ;
 }
 
@@ -448,7 +557,7 @@ static BOOL parseMacsSite (FILE *fp, Site *s, int M, double L, uchar *yp) /* par
 
   number = atoi(fgetword(fp)) ;	/* this is the site number */
   s->x = (int) (L * atof(fgetword(fp))) ;
-  atof(fgetword(fp)) ;		/* ignore the time */
+  double dummy = atof(fgetword(fp)) ;		/* ignore the time - dummy stops compile warning */
   while (M--)
     *yp++ = conv[getc(fp)] ;
   if (feof (fp)) return FALSE ;
diff --git a/pbwtImpute.c b/pbwtImpute.c
index 90a80a4..d1ec5dc 100644
--- a/pbwtImpute.c
+++ b/pbwtImpute.c
@@ -16,7 +16,7 @@
                 plus utilities to intentionally corrupt data
  * Exported functions:
  * HISTORY:
- * Last edited: Dec 14 13:52 2015 (rd)
+ * Last edited: Apr 28 16:33 2017 (rd)
  * * Sep 22 23:10 2014 (rd): move to 64 bit arrays
  * Created: Thu Apr  4 12:02:56 2013 (rd)
  *-------------------------------------------------------------------
@@ -224,7 +224,7 @@ static void phaseCompare (PBWT *p, PBWT *q)
     { for (i = 0 ; i < M/2 ; ++i)
 	{ printf ("SAMPLE-SWITCH\t%d\t%d", i, nSwitchSample[i]) ;
 	  if (p->samples)
-	    printf ("\t%s", sampleName(sample (p, 2*i))) ;
+	    printf ("\t%s", sampleName(pbwtSample (p, 2*i))) ;
 	  putchar ('\n') ;
 	}
       for (k = 0 ; k < N ; ++k)	
@@ -1127,8 +1127,8 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
 			       int nSparse, double fSparse)
 /* Require pOld and pFrame to have the same sites, a subset of sites of pRef, */
 /* and pRef and pFrame to have the same samples. */
-/* Impute only missing sites in pRef if pOld == pFrame. */
-/* Added nSparse to allow also matching at sparse positions */
+/* If pOld == pFrame then only impute missing sites in pRef, else take pRef. */
+/* Added nSparse to allow also matching at sparse positions - 171113 but this seems broken?! */
 {
   int i, j, k ;
 
@@ -1141,7 +1141,10 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
   if (pOld == pFrame)		/* self-imputing - no sparse option yet */
     matchMaximalWithin (pFrame, reportMatch) ;
   else
-    matchSequencesSweepSparse (pFrame, pOld, nSparse, reportMatchSparse) ;
+    /*    matchSequencesSweepSparse (pFrame, pOld, nSparse, reportMatchSparse) ; */
+    /* RD 171113 - I don't underestand this - it disables the effect of nSparse - maybe that doesn't work? */
+      matchSequencesSweep (pFrame, pOld, reportMatch) ;
+
 
   for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j)	/* add terminating element to arrays */
     { if (nSparse > 1) /* can't guarantee order of sparse segments */
@@ -1167,24 +1170,32 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
   pNew->isRefFreq = TRUE ;
   PbwtCursor *uNew = pbwtCursorCreate (pNew, TRUE, TRUE) ;
   uchar *x = myalloc (pOld->M, uchar) ;     /* uNew->y values in original sort order */
-  double *p = myalloc (pOld->M, double) ;   /* estimated prob of uNew->y in original sort order */
+  // unused: double *p = myalloc (pOld->M, double) ;   /* estimated prob of uNew->y in original sort order */
   int *aRefInv = myalloc (pRef->M, int) ;   /* holds the inverse mapping from uRef->a[i] -> i */
   int *firstSeg = mycalloc (pOld->M, int) ; /* position in maxMatch to start looking at */
   int nConflicts = 0 ;
-  uchar *missing = (pOld == pFrame) ? mycalloc (pOld->M, uchar) : 0 ;
+  uchar *missing = mycalloc (pOld->M, uchar) ;
   double *xDosage = myalloc (pOld->M, double), *yDosage = myalloc (pOld->M, double) ;
 
-  pNew->dosageOffset = arrayReCreate (pNew->dosageOffset, pRef->N, long) ;
-  pNew->zDosage = arrayReCreate (pNew->zDosage, pRef->N*16, uchar) ;
+  pNew->zDosage = arrayReCreate (pNew->zDosage, pRef->N*16, uchar) ; /* packed dosage data */
+  pNew->dosageOffset = arrayReCreate (pNew->dosageOffset, pRef->N, long) ; /* offsets per site into zDosage */
 
-  int kOld = 0, kRef = 0 ;
+  int kOld = 0, kRef = 0 ;	/* kOld is site in target and frame, kRef is site in the reference panel */
   while (kRef < pRef->N)
     { if (arrp(pRef->sites,kRef,Site)->x == arrp(pFrame->sites,kOld,Site)->x
 	  && arrp(pRef->sites,kRef,Site)->varD == arrp(pFrame->sites,kOld,Site)->varD)
-	{ pbwtCursorForwardsRead (uOld) ; ++kOld ;
+	{ 
+      if ( pOld != pFrame )
+      {
+          if (!pOld->missingOffset || !arr(pOld->missingOffset, kOld, long)) bzero (missing, pOld->M) ;
+          else unpack3 (arrp(pOld->zMissing,arr(pOld->missingOffset,kOld,long), uchar), pOld->M, missing, 0) ;
+      }
+      pbwtCursorForwardsRead (uOld) ; ++kOld ;
 	  for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j)
-	    while (kOld >= (arrp(maxMatch[j],firstSeg[j],MatchSegment)->end & SPARSE_MASK)) ++firstSeg[j] ;
+	    while (kOld > (arrp(maxMatch[j],firstSeg[j],MatchSegment)->end & SPARSE_MASK)) ++firstSeg[j] ;
 	}
+      else
+        arrp(pRef->sites,kRef,Site)->isImputed = TRUE ;
       for (i = 0 ; i < pRef->M ; ++i) aRefInv[uRef->a[i]] = i ;
       double psum = 0, xsum = 0, pxsum = 0 ; int n = 0 ;
       arrp(pRef->sites,kRef,Site)->refFreq = (uRef->M - uRef->c) / (double) pRef->M ;
@@ -1193,7 +1204,7 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
 	  else unpack3 (arrp(pRef->zMissing,arr(pRef->missingOffset,kRef,long), uchar), 
 			pRef->M, missing, 0) ;
 	}
-      for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j)
+      for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j)	     /* j here is in original order */
 	{ if (pOld == pFrame && !missing[j]) /* don't impute - copy from ref */
 	    { x[j] = uRef->y[aRefInv[j]] ;
 	      continue ;
@@ -1202,8 +1213,9 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
 	  double bit = 0, sum = 0, score = 0 ;
 	  MatchSegment *m = arrp(maxMatch[j],firstSeg[j],MatchSegment) ;
 	  MatchSegment *mStop = arrp(maxMatch[j],arrayMax(maxMatch[j]),MatchSegment) ;
-	  while (m->start <= kOld && m < mStop)
-	    { bit = (kOld - m->start + 1) * ((m->end & SPARSE_MASK) - kOld) ;
+	  while (m->start < kOld && m < mStop)
+	  { bit = (kOld - m->start) * ((m->end & SPARSE_MASK) - kOld) ;
+
 	      if (m->end & SPARSE_BIT) bit *= fSparse ;
 	      if (bit > 0)
 		{ sum += bit ;
@@ -1230,9 +1242,9 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
 	}
 	  
       for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) uNew->y[j] = x[uNew->a[j]] ; /* transfer to uNew */
-      pbwtCursorWriteForwards (uNew) ;
       /* need to sort the dosages into uNew cursor order as well */
       for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) yDosage[j] = xDosage[uNew->a[j]] ;
+      pbwtCursorWriteForwards (uNew) ; /* must come after calculating yDosage[] */
       pbwtDosageStore (pNew, yDosage, kRef) ;
       
       if (n) 
@@ -1252,26 +1264,91 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
 
   pbwtCursorDestroy (uOld) ; pbwtCursorDestroy (uRef) ; pbwtCursorDestroy (uNew) ;
   free (aRefInv) ; free (firstSeg) ;
-  for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) free (maxMatch[j]) ; free (maxMatch) ;
-  free (xDosage) ; free (yDosage) ; if (missing) free (missing) ;
+  for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) arrayDestroy (maxMatch[j]) ; free (maxMatch) ;
+  free (xDosage) ; free (yDosage) ; if (missing) free (missing) ; free (x) ;
   return pNew ;
 }
 
 /*********************************************************************/
 
+/* Use the major allele from the reference panel (the frame) for missing genotypes in the query */
+PBWT *pbwtFillMajorAllele (PBWT *pOri, PBWT *pRef)
+{
+    if ( !pOri->missingOffset ) return pOri;
+
+    PBWT *pNew = pbwtCreate (pOri->M, 0) ;
+    PbwtCursor *uOri = pbwtCursorCreate (pOri, TRUE, TRUE) ;
+    PbwtCursor *uNew = pbwtCursorCreate (pNew, TRUE, TRUE) ;
+    PbwtCursor *uRef = pbwtCursorCreate (pRef, TRUE, TRUE) ;
+
+    Site *sOri  = arrp(pOri->sites,0,Site), *eOri = sOri + pOri->N;
+    Site *sRef  = arrp(pRef->sites,0,Site), *eRef = sRef + pRef->N;
+
+    uchar *tmp = myalloc(pOri->M+1, uchar); 
+    tmp[pNew->M] = Y_SENTINEL ;  /* needed for efficient packing */
+
+    int i, iOri = 0;
+    while ( sOri < eOri && sRef < eRef )
+    {
+        if ( sOri->x != sRef->x ) die("fixme: %d != %d in pbwtFillMajorAllele\n", sOri->x,sRef->x);
+
+        for (i=0; i<pOri->M; i++) tmp[uOri->a[i]] = uOri->y[i];
+        for (i=0; i<pNew->M; i++) uNew->y[i] = tmp[uNew->a[i]] ;
+
+        if ( arr(pOri->missingOffset,iOri,long) )
+        {
+            unpack3(arrp(pOri->zMissing, arr(pOri->missingOffset,iOri,long), uchar), pOri->M, tmp, 0);
+            int major_allele = (float)uRef->c/(float)pRef->M <= 0.5 ? 1 : 0;
+            for (i=0; i<pOri->M; i++)
+                if ( tmp[i] ) uNew->y[i] = major_allele;
+        }
+        pbwtCursorWriteForwards(uNew);
+        pNew->N++;
+        pbwtCursorForwardsRead(uOri);
+        pbwtCursorForwardsRead(uRef);
+        sRef++;
+        sOri++;
+        iOri++;
+    }
+    pbwtCursorToAFend (uNew, pNew) ;
+    pNew->isX = pOri->isX ;
+    pNew->isY = pOri->isY ;
+    pNew->samples = pOri->samples ; pOri->samples = 0;
+    pNew->chrom = pOri->chrom ; pOri->chrom = 0;
+    pNew->sites = pOri->sites ; pOri->sites = 0 ; 
+
+    free(tmp);
+    pbwtDestroy(pOri);
+    pbwtCursorDestroy(uOri);
+    pbwtCursorDestroy(uNew);
+    pbwtCursorDestroy(uRef);
+
+    return pNew;
+}
+
   PBWT *referenceImpute (PBWT *pOld, char *fileNameRoot, int nSparse, double fSparse)
 {
+  if ( !pOld->N ) return pOld;  /* empty file, don't segfault */
+
   /* Preliminaries */
   fprintf (logFile, "impute against reference %s\n", fileNameRoot) ;
   if (!pOld || !pOld->yz || !pOld->sites) 
     die ("referenceImpute called without existing pbwt with sites") ;
-  PBWT *pRef = pbwtReadAll (fileNameRoot) ;
+
+    PBWT *pRef;
+    FILE *fp ;
+    if ((fp = fopenTag (fileNameRoot, "pbwt", "r"))) { pRef = pbwtRead (fp) ; fclose (fp) ; } 
+    else die ("failed to open %s.pbwt", fileNameRoot) ;
+    if ((fp = fopenTag (fileNameRoot, "sites","r")))  { pbwtReadSites (pRef, fp) ; fclose (fp) ; }
+
+
   if (!pRef->sites) die ("new pbwt %s in referencePhase has no sites", fileNameRoot) ;
   if (strcmp(pOld->chrom,pRef->chrom))
     die ("mismatching chrom in referenceImpute: old %s, new %s", pRef->chrom, pOld->chrom) ;
 
   /* identify the intersecting sites */
   PBWT *pFrame = pbwtSelectSites (pRef, pOld->sites, TRUE) ; /* keep the full ref to impute to */
+  pFrame->isX = pRef->isX ; pFrame->isY = pRef->isY ;
   if (pFrame->N == pRef->N)
     { fprintf (logFile, "No additional sites to impute in referenceImpute\n") ;
       pbwtDestroy (pFrame) ; pbwtDestroy (pRef) ;
@@ -1284,6 +1361,8 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
 
   fprintf (logFile, "Imputation preliminaries: ") ; timeUpdate(logFile) ;
 
+  pOld = pbwtFillMajorAllele (pOld, pFrame);
+
   if (isStats)
     { pImp = myalloc (pRef->N, double*) ;
       int k ; for (k = 0 ; k < pRef->N ; ++k) pImp[k] = myalloc (pOld->M, double) ;
@@ -1293,6 +1372,7 @@ static PBWT *referenceImpute3 (PBWT *pOld, PBWT *pRef, PBWT *pFrame,
   pNew->sites = pRef->sites ; pRef->sites = 0 ; 
   pNew->chrom = pRef->chrom ; pRef->chrom = 0 ;
   pNew->samples = pOld->samples ; pOld->samples = 0 ;
+  pNew->isX = pOld->isX ; pNew->isY = pOld->isY ;
 
   if (isStats)
     { int k, j, ff ; long his[20][10] ;
@@ -1328,7 +1408,7 @@ PBWT *imputeMissing (PBWT *pOld)
     }
 
   if (isStats)
-    { int *nMiss = mycalloc (10,int), n0, i ;
+    { int *nMiss = mycalloc (10,int), n0, i ; /* assumes under 1e10 samples !! */
       uchar *miss = myalloc (pOld->M, uchar) ;
       for (k = 0 ; k < pOld->N ; ++k)
 	if (arr(pOld->missingOffset,k,long)) 
@@ -1358,11 +1438,12 @@ PBWT *imputeMissing (PBWT *pOld)
   PBWT *pFrame = pbwtSelectSites (pOld, completeSites, TRUE) ;
   arrayDestroy (completeSites) ;
 
-  /* then impute, using a special mode of impute2() */
+  /* then impute, using a special mode of impute3() */
   PBWT *pNew = referenceImpute3 (pFrame, pOld, pFrame, 1, 0) ;
   pNew->sites = pOld->sites ; pOld->sites = 0 ;
   pNew->samples = pOld->samples ; pOld->samples = 0 ;
   pNew->chrom = pOld->chrom ; pOld->chrom = 0 ;
+  pNew->isX = pOld->isX ; pNew->isY = pOld->isY ;
   pbwtDestroy (pOld) ; pbwtDestroy (pFrame) ;
   return pNew ;
 }
@@ -1623,6 +1704,9 @@ PBWT *pbwtCopySamples (PBWT *pOld, int Mnew, double meanLength)
    gl[n][0] = (1-d[2*n]) * (1-d[2*n+1])
    gl[n][1] = d[2*n] + d[2*n+1] - 2*d[2*n]*d[2*n+1]
    gl[n][2] = d[2*n] * d[2*n+1]
+
+   Note that only differences from the {0,1} calls are stored. This is why
+   pbwtDosageStore() does not need the cursor but pbwtDosageRetrieve() does.
 */
 
 static inline uchar dosageEncode (double d)
diff --git a/pbwtMain.c b/pbwtMain.c
index 6ecd013..bfb2b30 100644
--- a/pbwtMain.c
+++ b/pbwtMain.c
@@ -185,6 +185,7 @@ int main (int argc, char *argv[])
   PBWT *p = 0 ;
   Array test ;
   char *referenceFasta = NULL;
+  int isXY = 0 ;
 
   logFile = stderr ;
 
@@ -210,8 +211,9 @@ int main (int argc, char *argv[])
       fprintf (stderr, "  -readDosage <file>        read dosage file; '-' for stdin\n") ;
       fprintf (stderr, "  -readReverse <file>       read reverse file; '-' for stdin\n") ;
       fprintf (stderr, "  -readAll <rootname>       read .pbwt and if present .sites, .samples, .missing - note not by default dosage\n") ;
-      fprintf (stderr, "  -readVcfGT <file>         read GTs from vcf or bcf file; '-' for stdin vcf only ; biallelic sites only - require diploid!\n") ;
-      fprintf (stderr, "  -readVcfPL <file>         read PLs from vcf or bcf file; '-' for stdin vcf only ; biallelic sites only - require diploid!\n") ;
+      fprintf (stderr, "  -loadSamples <file>       load sample metadata from a FMF, IMPUTE2 or FAM samples file; '-' for stdin\n") ;
+      fprintf (stderr, "  -readVcfGT <file>         read GTs from vcf or bcf file; '-' for stdin vcf only\n") ;
+      fprintf (stderr, "  -readVcfPL <file>         read PLs from vcf or bcf file; '-' for stdin vcf only\n") ;
       fprintf (stderr, "  -readMacs <file>          read MaCS output file; '-' for stdin\n") ;
       fprintf (stderr, "  -readVcfq <file>          read VCFQ file; '-' for stdin\n") ;
       fprintf (stderr, "  -readGen <file> <chrom>   read impute2 gen file - must set chrom\n") ;
@@ -237,6 +239,8 @@ int main (int argc, char *argv[])
       fprintf (stderr, "  -writeVcf|-writeVcfGz|-writeBcf|-writeBcfGz <file>\n") ;
       fprintf (stderr, "                            write VCF or BCF; uncompressed or bgzip (Gz) compressed file; '-' for stdout\n") ;
       fprintf (stderr, "  -referenceFasta <file>    reference fasta filename for VCF/BCF writing (optional)\n") ;
+      fprintf (stderr, "  -X                        treat males as haploid, females diploid as on non-PAR chrX\n") ;
+      fprintf (stderr, "  -Y                        treat males as haploid, skip females as on chrY\n") ;
       fprintf (stderr, "  -subsites <fmin> <frac>   subsample <frac> sites with AF > <fmin>\n") ;
       fprintf (stderr, "  -subsample <start> <n>    subsample <n> samples from index <start>\n") ;
       fprintf (stderr, "  -subrange <start> <end>   cut down to sites in [start,end)\n") ;
@@ -246,6 +250,7 @@ int main (int argc, char *argv[])
       fprintf (stderr, "  -selectSites <file>       select sites as in sites file\n") ;
       fprintf (stderr, "  -removeSites <file>       remove sites as in sites file\n") ;
       fprintf (stderr, "  -selectSamples <file>     select samples as in samples file\n") ;
+      fprintf (stderr, "  -removeSamples <file>     remove samples as in samples file\n") ;
       fprintf (stderr, "  -longWithin <L>           find matches within set longer than L\n") ;
       fprintf (stderr, "  -maxWithin                find maximal matches within set\n") ;
       fprintf (stderr, "  -matchNaive <file>        maximal match seqs in pbwt file to reference\n") ;
@@ -279,6 +284,10 @@ int main (int argc, char *argv[])
       { isCheck = TRUE ; argc -= 1 ; argv += 1 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-stats"))
       { isStats = TRUE ; argc -= 1 ; argv += 1 ; }
+    else if (!strcmp (argv[0], "-X"))
+      { isXY = 2 ; argc -= 1 ; argv += 1 ; }
+    else if (!strcmp (argv[0], "-Y"))
+      { isXY = 1 ; argc -= 1 ; argv += 1 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-merge") && argc > 1)
     { 
         int i, nfiles = 0;
@@ -302,6 +311,8 @@ int main (int argc, char *argv[])
       { FOPEN("readSites","r") ; pbwtReadSites (p, fp) ; FCLOSE ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-readSamples") && argc > 1)
       { FOPEN("readSamples","r") ; pbwtReadSamples (p, fp) ; FCLOSE ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
+    else if (!strcmp (argv[0], "-loadSamples") && argc > 1)
+      { FOPEN("loadSamples","r") ; pbwtReadSamplesFile (fp) ; FCLOSE ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-readMissing") && argc > 1)
       { FOPEN("readMissing","r") ; pbwtReadMissing (p, fp) ; FCLOSE ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-readDosage") && argc > 1)
@@ -311,7 +322,7 @@ int main (int argc, char *argv[])
     else if (!strcmp (argv[0], "-readAll") && argc > 1)
       { p = pbwtReadAll (argv[1]) ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-readVcfGT") && argc > 1)
-      { if (p) pbwtDestroy (p) ; p = pbwtReadVcfGT (argv[1]) ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
+      { if (p) pbwtDestroy (p) ; p = pbwtReadVcfGT (argv[1], isXY) ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-readVcfPL") && argc > 1)
       { if (p) pbwtDestroy (p) ; p = pbwtReadVcfPL (argv[1]) ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-readMacs") && argc > 1)
@@ -366,6 +377,8 @@ int main (int argc, char *argv[])
       { p = pbwtSubSampleInterval (p, atoi(argv[1]), atoi(argv[2])) ; argc -= 3 ; argv += 3 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-selectSamples") && argc > 2)
       { FOPEN("selectSamples","r") ; p = pbwtSelectSamples (p, fp) ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
+    else if (!strcmp (argv[0], "-removeSamples") && argc > 2)
+      { FOPEN("removeSamples","r") ; p = pbwtRemoveSamples (p, fp) ; argc -= 2 ; argv += 2 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-subsites") && argc > 2)
       { p = pbwtSubSites (p, atof(argv[1]), atof(argv[2])) ; argc -= 3 ; argv += 3 ; }
     else if (!strcmp (argv[0], "-selectSites") && argc > 1)
@@ -464,6 +477,8 @@ int main (int argc, char *argv[])
   if (p) pbwtDestroy(p) ;
   if (variationDict) dictDestroy(variationDict);
   sampleDestroy();
+  metaDataDestroy();
+  if (*commandLine) free(commandLine);
   fgetword (NULL) ;	// to keep valgrind happy, free malloced memory
   LOGCLOSE ;
   return 0 ;
diff --git a/pbwtMatch.c b/pbwtMatch.c
index 53dda8e..de28934 100644
--- a/pbwtMatch.c
+++ b/pbwtMatch.c
@@ -15,7 +15,8 @@
  * Description: match functions in pbwt package
  * Exported functions:
  * HISTORY:
- * Last edited: Aug  7 16:21 2015 (rd)
+ * Last edited: Jan  2 10:14 2016 (rd)
+ * * Jan  2 10:13 2016 (rd): start adding code for inexact match
  * Created: Thu Apr  4 11:55:48 2013 (rd)
  *-------------------------------------------------------------------
  */
diff --git a/pbwtPaint.c b/pbwtPaint.c
index 5d6cf54..f2c3221 100644
--- a/pbwtPaint.c
+++ b/pbwtPaint.c
@@ -15,7 +15,7 @@
  * Description: tools for chromosome painting as in ChromoPainter, FineStructure etc.
  * Exported functions:
  * HISTORY:
- * Last edited: Aug  7 16:24 2015 (rd)
+ * Last edited: Jul  4 23:55 2017 (rd)
  * Created: Tue Apr  1 11:34:41 2014 (rd)
  *-------------------------------------------------------------------
  */
@@ -160,12 +160,12 @@ void paintAncestryMatrix (PBWT *p, char* fileRoot,int chunksperregion)
       fputc ('\n', fc3) ;
       if (isCheck && (i%2) && p->samples) 
 	fprintf (logFile, "%s %8.4g %8.4g\n", 
-		 sampleName (sample(p,i-1)), totCounts[i-1], totCounts[i]) ;
+		 sampleName (pbwtSample(p,i-1)), totCounts[i-1], totCounts[i]) ;
     }
   fclose (fc) ; fclose (fl) ; fclose (fc2) ;fclose (fc3) ;
   timeUpdate(logFile);
   /* clean up */
-  for (i = 0 ; i < Ninds ; ++i) { free (counts[i]) ; free (counts2[i]) ; }
+  for (i = 0 ; i < Ninds ; ++i) { free (counts[i]) ; free (counts2[i]) ; free (counts3[i]) ; free (totlengths[i]) ; }
   free (counts) ; free (counts2) ; free (counts3) ; free (totCounts) ; free (nregions); free(totlengths);
 }
 
diff --git a/pbwtSample.c b/pbwtSample.c
index 292dba1..37db923 100644
--- a/pbwtSample.c
+++ b/pbwtSample.c
@@ -16,6 +16,7 @@
 /* globals */
 
 static DICT *sampleDict ;
+static DICT *familyDict ;
 static DICT *populationDict ;
 static Array samples ;
 
@@ -25,6 +26,7 @@ void sampleInit (void)
 {
   sampleDict = dictCreate (4096) ;
   populationDict = dictCreate (64) ;
+  familyDict = dictCreate (4096) ;
   samples = arrayCreate (4096, Sample) ;
   array(samples,0,Sample).nameD = 0 ; /* so that all read samples are non-zero */
 }
@@ -33,28 +35,75 @@ void sampleDestroy (void)
 {
   if (sampleDict) dictDestroy(sampleDict);
   if (populationDict) dictDestroy(populationDict);
+  if (familyDict) dictDestroy(familyDict);
   if (samples) arrayDestroy(samples);
 }
 
-int sampleAdd (char *name, char *father, char *mother, char *pop)
-{
-  int k ;
-  if (dictAdd (sampleDict, name, &k))
-    arrayp(samples, k, Sample)->nameD = k ;
+int sampleAdd (char *name)
+{ // populate global array
+  int k = 0 ;
+  if(dictAdd(sampleDict, name, &k)) arrayp(samples, k, Sample)->nameD = k ;
   return k ;
 }
 
-Sample *sample (PBWT *p, int i) 
+Sample *sample (int i) 
 {
-  i = arr(p->samples, i, int) ;
   if (i >= arrayMax(samples))
     die ("sample index %d out of range %ld", i, arrayMax(samples)) ;
   return arrp(samples,i,Sample) ;
 }
 
-char* sampleName (Sample *s) { return dictName (sampleDict, s->nameD) ; }
+int sampleCount (void)
+{
+    return arrayMax(samples);
+}
 
-char* popName (Sample *s) { return dictName (populationDict, s->popD) ; }
+int pbwtSamplePloidy(PBWT *p, int i)
+{
+    if (!p->samples) return 2 ;
+    Sample *s = sample (arr(p->samples, i, int)) ;
+    if (p->isX) return s->isMale ? 1 : 2 ;
+    else if (p->isY) return s->isMale ? 1 : 0 ;
+    else return 2 ;
+}
+
+char* sampleName (Sample *s) { return dictName (sampleDict, s->nameD) ; }
+char* popName (Sample *s, char *name)
+{
+  if (name) {
+    int v ;
+    dictAdd(populationDict, name, &v) ;
+    s->popD = v ;
+  }
+  return dictName (populationDict, s->popD) ;
+}
+char* familyName (Sample *s, char *name)
+{
+  if (name) {
+    int v ;
+    dictAdd(familyDict, name, &v) ;
+    s->family = v ;
+  }
+  return dictName (familyDict, s->family) ;
+}
+Sample* mother (Sample *s, char *name)
+{
+  if (name) {
+    int v = sampleAdd(name) ;
+    s->mother = v ;
+    s->isFemale = TRUE ;
+  }
+  return arrp(samples,s->mother,Sample) ;
+}
+Sample* father (Sample *s, char *name)
+{
+  if (name) {
+    int v = sampleAdd(name) ;
+    s->father = v ;
+    s->isMale = TRUE ;
+  }
+  return arrp(samples,s->father,Sample) ;
+}
 
 PBWT *pbwtSubSample (PBWT *pOld, Array select)
 /* select[i] is the position in old of the i'th position in new */
@@ -68,16 +117,48 @@ PBWT *pbwtSubSample (PBWT *pOld, Array select)
   PbwtCursor *uOld = pbwtCursorCreate (pOld, TRUE, TRUE) ;
   PbwtCursor *uNew = pbwtCursorCreate (pNew, TRUE, TRUE) ;
 
+  int nMissingSites = 0 ; 
+  uchar *missing = mycalloc (pOld->M, uchar) ;
+  uchar *xMissing = myalloc (pNew->M+1, uchar) ;
+  xMissing[pNew->M] = Y_SENTINEL ;  /* needed for efficient packing */
+
   for (i = 0 ; i < pOld->N ; ++i)
     { for (j = 0 ; j < pOld->M ; ++j) ainv[uOld->a[j]] = j ;
       for (j = 0 ; j < pNew->M ; ++j) x[j] = uOld->y[ainv[arr(select,j,int)]] ;
       for (j = 0 ; j < pNew->M ; ++j) uNew->y[j] = x[uNew->a[j]] ;
       pbwtCursorWriteForwards (uNew) ;
       pbwtCursorForwardsRead (uOld) ;
+
+      if (pOld->missingOffset)
+        { if (!pNew->missingOffset)
+            { pNew->zMissing = arrayCreate (10000, uchar) ;
+              array(pNew->zMissing, 0, uchar) = 0 ; /* needed so missing[] has offset > 0 */
+              pNew->missingOffset = arrayCreate (1024, long) ;
+            }
+          if (arr(pOld->missingOffset,i,long))
+            { 
+              unpack3 (arrp(pOld->zMissing, arr(pOld->missingOffset,i,long), uchar), pNew->M, missing, 0) ;
+              int nMissing = 0 ;
+              for (j = 0 ; j < pNew->M ; ++j) { nMissing += xMissing[j] = missing[arr(select,j,int)] ; }
+              if (nMissing) {
+                  array(pNew->missingOffset,i,long) = arrayMax(pNew->zMissing) ;
+                  pack3arrayAdd (xMissing,pNew->M,pNew->zMissing) ; /* NB original order, not pbwt sort */
+                  nMissingSites++ ;
+                }
+              else
+                  array(pNew->missingOffset,pNew->N,long) = 0 ;
+            }
+          else
+              array(pNew->missingOffset,pNew->N,long) = 0 ;
+        }
     }
   pbwtCursorToAFend (uNew, pNew) ;
+  free(missing) ; free(xMissing) ;
 
-  /* need to do this also for missing */
+  fprintf (logFile, "%d haplotypes selected from %d, %d missing sites, pbwt size for %d sites is %ld\n", 
+           pNew->M, pOld->M, nMissingSites, pNew->N, arrayMax(pNew->yz)) ;
+
+  // TODO: update dosage
 
   if (pOld->samples)
     { pNew->samples = arrayCreate (pNew->M, int) ;
@@ -86,6 +167,7 @@ PBWT *pbwtSubSample (PBWT *pOld, Array select)
     }
   pNew->chrom = pOld->chrom ; pOld->chrom = 0 ;
   pNew->sites = pOld->sites ; pOld->sites = 0 ;
+  pNew->isX = pOld->isX ; pNew->isY = pOld->isY ;
   pbwtDestroy (pOld) ; /* destroy will free old samples */
 
   free(x) ; free(ainv) ; pbwtCursorDestroy (uOld) ; pbwtCursorDestroy (uNew) ;
@@ -107,6 +189,33 @@ PBWT *pbwtSubSampleInterval (PBWT *pOld, int start, int Mnew)
   return pNew ;
 }
 
+PBWT *pbwtRemoveSamples (PBWT *pOld, FILE *fp)
+{
+  if (!pOld || !pOld->samples) die ("pbwtRemoveSamples called without pre-existing sample names") ;
+  int i, j, k ;
+
+  Array rmSamples = pbwtReadSamplesFile (fp) ;
+
+  if (!arrayMax(rmSamples)) return pOld ;
+
+  Array select = arrayCreate (pOld->M, int) ;
+  HASH rmHash = hashCreate (arrayMax(rmSamples)) ;
+  for (i = 0 ; i < arrayMax(rmSamples) ; ++i) {
+    hashAdd(rmHash,HASH_INT(arr(rmSamples,i,int))) ;
+  }
+
+  for (i = 0 ; i < pOld->M ; ++i) {
+    if (!hashFind(rmHash,HASH_INT(arr(pOld->samples,i,int))))
+      array(select,arrayMax(select),int) = i ;
+  }
+
+  hashDestroy(rmHash) ;
+
+  PBWT *pNew = pbwtSubSample (pOld, select) ;
+  arrayDestroy (select) ;
+  return pNew ;
+}
+
 PBWT *pbwtSelectSamples (PBWT *pOld, FILE *fp)
 {
   if (!pOld || !pOld->samples) die ("pbwtSelectSamples called without pre-existing sample names") ;
diff --git a/test/OMNI.vcf b/test/OMNI.vcf
deleted file mode 100644
index c558918..0000000
--- a/test/OMNI.vcf
+++ /dev/null
@@ -1,45 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.2
-##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
-##pbwtVersion=3.0+htslib-1.1-3-g5b98adc
-##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes">
-##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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index 0000000..8b85254
Binary files /dev/null and b/test/OMNI.vcf.gz differ
diff --git a/test/refImpute.in.vcf b/test/refImpute.in.vcf
index 2762792..86e880b 100644
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+++ b/test/refImpute.in.vcf
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+20	224971	.	G	A	.	PASS	RefPanelAF=0.481665;DR2=0;AC=0;AN=18	GT:ADS:DS:GP	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025	0|0:0.45,0.45:0.9:0.3025,0.495,0.2025
diff --git a/test/samples.fmf b/test/samples.fmf
new file mode 100644
index 0000000..5003f98
--- /dev/null
+++ b/test/samples.fmf
@@ -0,0 +1,4 @@
+NA00000	sex:Z:Female	population:Z:A
+NA00001	sex:Z:Male	population:Z:A
+NA00002	sex:Z:Male	poulation:Z:B
+NA00003	sex:Z:Female	population:Z:B
diff --git a/test/small-impute.out.vcf b/test/small-impute.out.vcf
new file mode 100644
index 0000000..09b9c2e
--- /dev/null
+++ b/test/small-impute.out.vcf
@@ -0,0 +1,37 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##contig=<ID=20,length=2147483647>
+##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes">
+##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##INFO=<ID=RefPanelAF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in imputation reference panel">
+##INFO=<ID=DR2,Number=A,Type=Float,Description="Estimated haploid dosage r^2 from imputation">
+##INFO=<ID=TYPED,Number=0,Type=Flag,Description="Site was genotyped prior to imputation">
+##FORMAT=<ID=ADS,Number=.,Type=Float,Description="Allele dosage per haplotype">
+##FORMAT=<ID=DS,Number=1,Type=Float,Description="Genotype dosage">
+##FORMAT=<ID=GP,Number=G,Type=Float,Description="Genotype posterior probabilities">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	XXXXXXX
+20	63231	.	T	G	.	PASS	RefPanelAF=0.05;DR2=0;AC=0;AN=2	GT:ADS:DS:GP	0|0:0.05,0.05:0.1:0.9025,0.095,0.0025
+20	63799	.	C	T	.	PASS	RefPanelAF=0.25;DR2=1;AC=1;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	1|0:1,0:1:0,1,0
+20	68749	.	T	C	.	PASS	RefPanelAF=0.55;DR2=1;AC=2;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	1|1:1,1:2:0,0,1
+20	69094	.	G	A	.	PASS	RefPanelAF=0.45;DR2=1;AC=1;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	1|0:1,0:1:0,1,0
+20	69408	.	C	T	.	PASS	RefPanelAF=0.1;DR2=1;AC=1;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	1|0:1,0:1:0,1,0
+20	71093	.	G	A	.	PASS	RefPanelAF=0;DR2=1;AC=0;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	74347	.	G	A	.	PASS	RefPanelAF=0.5;DR2=1;AC=0;AN=2	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	75254	.	C	A	.	PASS	RefPanelAF=0.25;DR2=1;AC=1;AN=2	GT:ADS:DS:GP	0|1:0,1:1:0,1,0
+20	80655	.	A	G	.	PASS	RefPanelAF=0.9;DR2=1;AC=2;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	1|1:1,1:2:0,0,1
+20	83611	.	C	A	.	PASS	RefPanelAF=0;DR2=1;AC=0;AN=2	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	87112	.	G	A	.	PASS	RefPanelAF=0.5;DR2=1;AC=1;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|1:0,1:1:0,1,0
+20	87416	.	A	C	.	PASS	RefPanelAF=0.55;DR2=1;AC=1;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|1:0,1:1:0,1,0
+20	88155	.	T	C	.	PASS	RefPanelAF=0;DR2=1;AC=0;AN=2	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	90814	.	T	C	.	PASS	RefPanelAF=0;DR2=1;AC=0;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	90984	.	A	G	.	PASS	RefPanelAF=0.05;DR2=1;AC=0;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	91088	.	C	T	.	PASS	RefPanelAF=0.85;DR2=1;AC=2;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	1|1:1,1:2:0,0,1
+20	91346	.	G	A	.	PASS	RefPanelAF=0.05;DR2=1;AC=0;AN=2	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	91508	.	G	A	.	PASS	RefPanelAF=0.8;DR2=1;AC=2;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	1|1:1,1:2:0,0,1
+20	91707	.	C	T	.	PASS	RefPanelAF=0.15;DR2=1;AC=1;AN=2	GT:ADS:DS:GP	1|0:1,0:1:0,1,0
+20	92366	.	A	G	.	PASS	RefPanelAF=0.5;DR2=1;AC=1;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|1:0,1:1:0,1,0
+20	92527	.	A	G	.	PASS	RefPanelAF=0.95;DR2=1;AC=2;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	1|1:1,1:2:0,0,1
+20	96931	.	A	G	.	PASS	RefPanelAF=0.05;DR2=1;AC=0;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	97122	.	C	T	.	PASS	RefPanelAF=0.05;DR2=1;AC=0;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|0:0,0:0:1,0,0
+20	98930	.	G	A	.	PASS	RefPanelAF=0.05;DR2=0;AC=0;AN=2;TYPED	GT:ADS:DS:GP	0|0:0.05,0.05:0.1:0.9025,0.095,0.0025
diff --git a/test/small-ref.vcf.gz b/test/small-ref.vcf.gz
new file mode 100644
index 0000000..e45302d
Binary files /dev/null and b/test/small-ref.vcf.gz differ
diff --git a/test/small.vcf b/test/small.vcf
new file mode 100644
index 0000000..25603a9
--- /dev/null
+++ b/test/small.vcf
@@ -0,0 +1,27 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##contig=<ID=20,length=2147483647>
+##bcftools_viewVersion=1.6-14-geed5371-dirty+htslib-1.6-3-g75decb8
+##bcftools_viewCommand=view -t 20:1-98930 -S rmme.smpl -Oz -o test/small-ref.vcf.gz test/OMNI.vcf.gz; Date=Tue Oct 24 09:49:39 2017
+##bcftools_viewCommand=view -s HG00096 test/small-ref.vcf.gz; Date=Tue Oct 24 09:53:25 2017
+##bcftools_annotateVersion=1.6-14-geed5371-dirty+htslib-1.6-3-g75decb8
+##bcftools_annotateCommand=annotate -x INFO -Oz -o test/small.vcf.gz test/small.vcf; Date=Tue Oct 24 09:56:09 2017
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	XXXXXXX
+20	63799	rs1418258	C	T	0	PASS	.	GT	1|0
+20	68749	rs6086616	T	C	0	PASS	.	GT	1|1
+20	69094	rs6039403	G	A	0	PASS	.	GT	1|0
+20	69408	rs17685809	C	T	0	PASS	.	GT	1|0
+20	71093	rs6040395	G	A	0	PASS	.	GT	0|0
+20	80655	rs2196239	A	G	0	PASS	.	GT	1|1
+20	87112	rs34383360	G	A	0	PASS	.	GT	0|1
+20	87416	rs1935386	A	C	0	PASS	.	GT	0|1
+20	90814	rs75507632	T	C	0	PASS	.	GT	0|0
+20	90984	rs1077784	A	G	0	PASS	.	GT	0|0
+20	91088	rs2002370	C	T	0	PASS	.	GT	1|1
+20	91508	rs6051659	G	A	0	PASS	.	GT	1|1
+20	92366	rs13039134	A	G	0	PASS	.	GT	0|1
+20	92527	rs1418260	A	G	0	PASS	.	GT	./.
+20	96931	rs6052070	A	G	0	PASS	.	GT	0|0
+20	97122	rs6515824	C	T	0	PASS	.	GT	0|0
+20	98930	rs6116135	G	A	0	PASS	.	GT	0|0
diff --git a/test/sub.samples b/test/sub.samples
new file mode 100644
index 0000000..90404ab
--- /dev/null
+++ b/test/sub.samples
@@ -0,0 +1,2 @@
+NA00002
+NA00003
diff --git a/test/sub.sites b/test/sub.sites
new file mode 100644
index 0000000..a84cc25
--- /dev/null
+++ b/test/sub.sites
@@ -0,0 +1,10 @@
+X	74132	T	.
+X	75345	T	.
+X	76962	T	C
+X	89583	A	G
+X	126310	ACC	A
+X	138148	C	T
+X	271225	T	TTTA
+X	271225	T	TA
+X	304568	C	T
+X	326891	A	AC
diff --git a/test/test.pl b/test/test.pl
index ca3401e..2d56561 100755
--- a/test/test.pl
+++ b/test/test.pl
@@ -13,8 +13,14 @@
 test_pbwt($opts, in=>'merge.1', out=>'merge.1.out');
 test_pbwt($opts, in=>'merge.2', out=>'merge.2.out');
 test_write_vcf($opts, in=>'merge.1', out=>'merge.1.vcf');
-test_read_vcf_gt($opts, in=>'read.vcf', out=>'write.vcf');
+test_read_vcf_gt($opts, in=>'read.vcf', out=>'write.out',args=>'');
+test_read_vcf_gt($opts, in=>'read.vcf', out=>'write.X.out',X=>"$$opts{path}/samples.fmf",args=>'');
+test_read_vcf_gt($opts,in=>'read.vcf',out=>'select.samples.out',args=>"-selectSamples $$opts{path}/sub.samples");
+test_read_vcf_gt($opts,in=>'read.vcf',out=>'remove.samples.out',args=>"-removeSamples $$opts{path}/sub.samples");
+test_read_vcf_gt($opts,in=>'read.vcf',out=>'select.sites.out',args=>"-selectSites $$opts{path}/sub.sites");
+test_read_vcf_gt($opts,in=>'read.vcf',out=>'remove.sites.out',args=>"-removeSites $$opts{path}/sub.sites");
 test_pbwt_reference_impute($opts, in=>'refImpute.in', ref=>'OMNI', out=>'refImpute.out.vcf');
+test_pbwt_reference_impute($opts, in=>'small', ref=>'small-ref', out=>'small-impute.out.vcf');
 test_merge($opts,in=>['merge.1','merge.2'],out=>'merge.12.out');
 test_merge_sites($opts,in=>['merge.1','merge.2'],out=>'merge.12.sites');
 
@@ -195,14 +201,21 @@ sub test_write_vcf
 sub test_read_vcf_gt
 {
     my ($opts,%args) = @_;
-    test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{bin}/pbwt -readVcfGT $$opts{path}/read.vcf -writeVcf - 2>/dev/null | grep -v ^##pbwt >$$opts{tmp}/$args{out}");
+    my $ploidy = '';
+    if ($args{X}) {
+        $ploidy = " -loadSamples $args{X} -X";
+    }
+    elsif ($args{Y}) {
+        $ploidy = " -loadSamples $args{Y} -Y";
+    }
+    test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{bin}/pbwt$ploidy -readVcfGT $$opts{path}/read.vcf $args{args} -writeVcf - 2>/dev/null | grep -v ^##pbwt >$$opts{tmp}/$args{out}");
 }
 
 sub test_pbwt_reference_impute
 {
     my ($opts,%args) = @_;
     # create reference panel pbwt
-    cmd("$$opts{bin}/pbwt -readVcfGT $$opts{path}/$args{ref}.vcf -writeAll $$opts{tmp}/$args{ref} 2>/dev/null");
+    cmd("$$opts{bin}/pbwt -readVcfGT $$opts{path}/$args{ref}.vcf.gz -writeAll $$opts{tmp}/$args{ref} 2>/dev/null");
     test_cmd($opts,%args,cmd=>"$$opts{bin}/pbwt -readVcfGT $$opts{path}/$args{in}.vcf -referenceImpute $$opts{tmp}/$args{ref} -writeVcf - 2>/dev/null | grep -v ^##pbwt > $$opts{tmp}/$args{out}");
 }
 
diff --git a/test/write.vcf b/test/write.out
similarity index 77%
rename from test/write.vcf
rename to test/write.out
index 64cea5d..6a3bf34 100644
--- a/test/write.vcf
+++ b/test/write.out
@@ -5,7 +5,7 @@
 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
 #CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	NA00001	NA00002	NA00003
-X	74132	.	T	.	.	PASS	AC=0;AN=6	GT	0|0	0|0	0|0
+X	74132	.	T	.	.	PASS	AC=0;AN=0	GT	./.	./.	./.
 X	75345	.	T	.	.	PASS	AC=0;AN=6	GT	0|0	0|0	0|0
 X	76962	.	T	C	.	PASS	AC=5;AN=6	GT	0|1	1|1	1|1
 X	126310	.	ACC	A	.	PASS	AC=4;AN=6	GT	0|1	0|1	1|1
@@ -14,8 +14,8 @@ X	138148	.	C	T	.	PASS	AC=4;AN=6	GT	0|1	0|1	1|1
 X	271225	.	T	TTTA	.	PASS	AC=2;AN=6	GT	0|0	0|1	1|0
 X	271225	.	T	TA	.	PASS	AC=2;AN=6	GT	0|1	0|0	0|1
 X	304568	.	C	T	.	PASS	AC=4;AN=6	GT	0|1	0|1	1|1
-X	326891	.	A	AC	.	PASS	AC=2;AN=6	GT	0|1	0|1	0|0
+X	326891	.	A	AC	.	PASS	AC=2;AN=4	GT	0|1	0|1	./.
 X	2928329	.	C	T	.	PASS	AC=1;AN=6	GT	0|0	0|0	0|1
-X	2933066	.	G	C	.	PASS	AC=1;AN=6	GT	0|0	0|0	0|1
-X	2942109	.	T	C	.	PASS	AC=3;AN=6	GT	0|0	1|0	1|1
-X	3048719	.	T	C	.	PASS	AC=2;AN=6	GT	0|0	1|0	0|1
+X	2933066	.	G	C	.	PASS	AC=1;AN=4	GT	./.	0|0	0|1
+X	2942109	.	T	C	.	PASS	AC=4;AN=6	GT	0|0	1|1	1|1
+X	3048719	.	T	C	.	PASS	AC=3;AN=6	GT	0|0	1|1	0|1
diff --git a/utils.c b/utils.c
index 04509b6..ce353d5 100644
--- a/utils.c
+++ b/utils.c
@@ -197,4 +197,73 @@ void timeUpdate (FILE *f)
   rOld = rNew ;
 }
 
+/***************** fmf metadata ******************/
+
+static DICT *keyDict ;
+static DICT *valueDict ;
+
+void metaDataInit (void)
+{
+  keyDict = dictCreate (4096) ;
+  valueDict = dictCreate (4096) ;
+}
+
+void metaDataDestroy (void)
+{
+  if (keyDict) dictDestroy(keyDict);
+  if (valueDict) dictDestroy(valueDict);
+}
+
+int addMetaData (Array metaData, char *key, char *value, char type)
+{
+  if (!metaData) {
+    metaData = arrayCreate(4096, MetaData) ;
+  }
+  MetaData *m = arrayp(metaData, arrayMax(metaData), MetaData) ;
+
+  int k, v ;
+  dictAdd(keyDict, key, &k) ;
+
+  if (type == 'i') { m->type = FMF_INT, m->value.i = strtol(value, NULL, 0); }
+  else if (type == 'f') { m->type = FMF_REAL, m->value.r = strtod(value, NULL) ; }
+  else if (type == 'Z')
+  {
+    dictAdd(valueDict, value, &v) ;
+    m->type = FMF_STR ; m->value.s = v ;
+  }
+  else m->type = FMF_FLAG ;
+
+  return k ;
+}
+
+void writeMetaData (char *rowname, Array metaData, FILE *fp)
+{
+  static const char *typeStr = "\0ifZ" ;
+  fputs (rowname, fp) ;
+  if (metaData) 
+    {
+      int i ;
+      for (i = 0 ; i < arrayMax(metaData) ; i++)
+        {
+          MetaData *m = arrp(metaData, i, MetaData) ;
+          fputc ('\t', fp) ;
+          fputs (metaDataKey (m), fp) ;
+          if (m->type != FMF_FLAG)
+            {
+              fputc (':', fp) ;
+              fputc (typeStr[m->type], fp) ;
+              fputc (':', fp) ;
+              if (m->type == FMF_INT) fprintf (fp, "%lld", (long long)m->value.i) ;
+              else if (m->type == FMF_REAL) fprintf (fp, "%g", m->value.r) ;
+              else fputs (metaDataStrValue (m), fp);
+            }
+        }
+    }
+  fputc ('\n', fp) ;
+  if (ferror (fp)) die ("error writing metaData file") ;
+}
+
+char *metaDataKey (MetaData *m) { return dictName (keyDict, m->key) ; }
+char *metaDataStrValue (MetaData *m) { return dictName (valueDict, m->value.s) ; }
+
 /********************* end of file ***********************/
diff --git a/utils.h b/utils.h
index 820ba37..9fc996e 100644
--- a/utils.h
+++ b/utils.h
@@ -28,6 +28,7 @@
 
 #include <stdio.h>		/* FILE etc. */
 #include <stdlib.h>		/* malloc(), free(), ... notation */
+#include <stdint.h>
 #include <string.h>		/* memset() */
 #include <limits.h>		/* INT_MAX etc. */
 #include <errno.h>
@@ -55,4 +56,27 @@ gzFile gzopenTag (char* root, char* tag, char* mode) ;
 char *fgetword (FILE *f) ;	/* not threadsafe */
 void timeUpdate (FILE *f) ;	/* report to stderr resources used since last called */
 
+#define FMF_FLAG  0
+#define FMF_INT   1
+#define FMF_REAL  2
+#define FMF_STR   3
+
+typedef struct {
+  uint32_t key:28, type:4;
+  union {
+    int32_t i; // FMF_INT int value
+    float r; // FMF_REAL float value 
+    uint32_t s; // FMF_STR index into valueDict
+  } value;
+} MetaData ;
+
+void metaDataInit (void) ;
+void metaDataDestroy (void) ;
+
+int addMetaData (Array metaData, char *key, char *value, char type) ;
+void writeMetaData (char *rowname, Array metaData, FILE *fp) ;
+char *metaDataKey (MetaData *m) ; /* from keyDict  */
+char *metaDataStrValue (MetaData *m) ; /* get the value */
+
+
 /************************/