-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 5
/
Copy pathDockerfile
226 lines (207 loc) · 8.6 KB
/
Dockerfile
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
# TODO: clean-up after apt-get commands
# see: https://docs.docker.com/engine/userguide/eng-image/dockerfile_best-practices/
#
# SOSRepair requires two different versions of LLVM/Clang:
#
# * SOSRepair itself uses the "latest" version of Clang (TODO: fix this to a particular version)
# * KLEE, a dependency of SOSRepair, requires LLVM/Clang 3.4
#
#
FROM ubuntu:14.04
MAINTAINER Afsoon Afzal ([email protected])
# Install basic dependencies
RUN apt-get update && \
apt-get install -y subversion \
vim \
git \
g++ \
python \
perl \
cmake \
unzip \
wget \
curl \
build-essential \
bison \
flex
ENV CXX=g++
###############################################################################
# Z3
###############################################################################
ENV Z3_REV ce123d9dbcc1b5902bf831c4730e5628387c79dc
RUN git clone https://github.com/Z3Prover/z3.git /tmp/z3 && \
cd /tmp/z3 && \
git checkout "${Z3_REV}" && \
python scripts/mk_make.py && \
cd build && \
make -j$(nproc) && \
make install PREFIX=/opt/sosrepair && \
rm -rf /tmp/*
###############################################################################
# Clang 3.4.2
###############################################################################
RUN echo "deb http://llvm.org/apt/trusty/ llvm-toolchain-trusty-3.4 main" >> /etc/apt/sources.list && \
echo "deb-src http://llvm.org/apt/trusty/ llvm-toolchain-trusty-3.4 main" >> /etc/apt/sources.list && \
wget -nv -O - http://llvm.org/apt/llvm-snapshot.gpg.key | apt-key add - && \
apt-get update && \
apt-get install -y clang-3.4 llvm-3.4 llvm-3.4-dev llvm-3.4-tools
###############################################################################
# uclibc
###############################################################################
# WARNING: this isn't fixed to a particular version!
RUN mkdir -p /opt/sosrepair
RUN apt-get install -y libcap-dev \
libncurses5-dev \
python-minimal \
python-pip \
groff \
libboost-all-dev \
zlib1g-dev
RUN git clone https://github.com/klee/klee-uclibc.git /tmp/uclibc && \
ls /usr/bin && \
cd /tmp/uclibc && \
./configure --with-llvm-config /usr/bin/llvm-config-3.4 \
--make-llvm-lib && \
make -j && \
make install PREFIX=/opt/sosrepair && \
rm -rf /tmp/*
###############################################################################
# minisat
###############################################################################
# WARNING: this isn't fixed to a particular version!
ENV MINISAT_REV 37dc6c67e2af26379d88ce349eb9c4c6160e8543
RUN git clone https://github.com/stp/minisat.git /tmp/minisat && \
cd /tmp/minisat && \
git checkout "${MINISAT_REV}" && \
mkdir build && \
cd build && \
cmake -DSTATIC_BINARIES=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/sosrepair ../ && \
make -j install && \
cd / && \
rm -rf /tmp/*
###############################################################################
# stp
###############################################################################
RUN cd /tmp && \
wget --quiet https://github.com/stp/stp/archive/2.1.2.tar.gz && \
tar -xf 2.1.2.tar.gz && \
cd stp* && \
mkdir build && \
cd build && \
cmake -DSTATIC_BINARIES=ON \
-DBUILD_SHARED_LIBS:BOOL=OFF \
-DENABLE_PYTHON_INTERFACE:BOOL=OFF \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/sosrepair .. && \
make -j && \
make install && \
ulimit -s unlimited && \
rm -rf /tmp/*
###############################################################################
# KLEE
###############################################################################
RUN git clone https://github.com/klee/klee.git /tmp/klee && \
cd /tmp/klee && \
git checkout v1.4.0
RUN cd /tmp/klee && \
ln -s /usr/bin/llvm-config-3.4 /usr/bin/llvm-config && \
./configure prefix=/opt/sosrepair \
--with-stp=/opt/sosrepair \
--with-uclibc=/opt/sosrepair/usr/x86_64-linux-uclibc/usr/ \
--enable-posix-runtime \
LDFLAGS=-L$/opt/sosrepair/lib \
CPPFLAGS=-I/opt/sosrepair/include && \
make install -j$(nproc) && \
cd / && \
rm -rf /tmp/*
###############################################################################
# patchelf
###############################################################################
RUN apt-get install -y autoconf && \
cd /tmp && \
wget -nv https://github.com/NixOS/patchelf/archive/0.9.tar.gz && \
tar -xf 0.9.tar.gz && \
cd patchelf-0.9 && \
./bootstrap.sh && \
./configure && \
make install && \
rm -rf /tmp/* && \
apt-get remove -y autoconf
###############################################################################
# Customised Clang/LLVM installation
###############################################################################
ENV CMAKE_LOCATION /opt/cmake
RUN cd /tmp && \
wget -nv https://cmake.org/files/v3.10/cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz && \
tar -xzvf cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz && \
rm -f cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz && \
mv cmake-3.10.2-Linux-x86_64 "${CMAKE_LOCATION}"
ADD docker/binary-op.patch /tmp/binary-op.patch
RUN git clone https://git.llvm.org/git/llvm.git /tmp/llvm && \
cd /tmp/llvm && \
mkdir build && \
git checkout release_50 && \
cd tools && \
git clone https://git.llvm.org/git/clang.git && \
cd clang && \
git checkout release_50 && \
git apply /tmp/binary-op.patch
RUN cd /tmp/llvm/build && \
/opt/cmake/bin/cmake -G "Unix Makefiles" .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=MinSizeRel && \
make -j8
RUN cd /tmp/llvm/build && \
/opt/cmake/bin/cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/sosrepair/llvm -P cmake_install.cmake
RUN cp -r /tmp/llvm/tools/clang/bindings/python /opt/sosrepair/bindings
###############################################################################
# install postgres
###############################################################################
RUN apt-get install -y postgresql libpq-dev && \
pip install postgres
USER postgres
RUN /etc/init.d/postgresql start && psql --command "CREATE USER root WITH SUPERUSER;"
USER root
RUN /etc/init.d/postgresql start && sleep 10 && createdb testdb
###############################################################################
# install a simple bug
###############################################################################
RUN mkdir -p /experiment && \
cd /tmp && \
wget -nv "http://repairbenchmarks.cs.umass.edu/IntroClass.tar.gz" && \
tar -xf "IntroClass.tar.gz" && \
mv IntroClass /experiment && \
rm -rf /tmp/*
ADD docker/project-repair /experiment/project-repair
###############################################################################
# SOSRepair
###############################################################################
ENV PYTHONPATH="/opt/sosrepair/bindings:${PYTHONPATH}"
ENV CPATH=":/opt/sosrepair/include"
ENV PATH="/opt/sosrepair/bin:$PATH"
RUN mkdir -p /opt/sosrepair/sosrepair && mkdir /opt/sosrepair/sosrepair/logs && mkdir /opt/sosrepair/prepare
WORKDIR /opt/sosrepair/sosrepair
ADD run.py run.py
ADD docker/settings.py settings.py
ADD utils utils
ADD repository repository
ADD fault_localization fault_localization
ADD profile profile
ADD docker/setup.sh /opt/sosrepair/prepare/setup.sh
###############################################################################
# Uninstall build-time dependencies
###############################################################################
###############################################################################
# Create portable volume
###############################################################################
ADD docker/port.py /bin/port
WORKDIR /
RUN port /opt/sosrepair /opt/sosrepair/bin/z3 && \
port /opt/sosrepair /opt/sosrepair/bin/minisat && \
port /opt/sosrepair /opt/sosrepair/bin/minisat_core && \
port /opt/sosrepair /opt/sosrepair/bin/stp-2.1.2 && \
port /opt/sosrepair /opt/sosrepair/bin/stp_simple && \
port /opt/sosrepair /opt/sosrepair/bin/kleaver \
libffi.so.6 libtinfo.so.5 libdl.so.2 && \
port /opt/sosrepair /opt/sosrepair/bin/klee \
libffi.so.6 libtinfo.so.5 libdl.so.2
RUN cp /usr/bin/clang-3.4 /opt/sosrepair/bin/clang-3.4 && \
port /opt/sosrepair /opt/sosrepair/bin/clang-3.4
VOLUME /opt/sosrepair