RMS Mapping Quality(Root Mean Square of the mapping quality of reads across all samples) 默认值:SNP>= 40
Phred格式(Phred_scaled)的质量值,表示在该位点存在variant的可能性;该值越高,则variant的可能性越大;计算方法:Phred值 = -10 * log (1-p) p为variant存在的概率; 通过计算公式可以看出值为10的表示错误概率为0.1,该位点为variant的概率为90%。
基因型的质量值(Genotype Quality)。Phred格式(Phred_scaled)的质量值,表示在该位点该基因型存在的可能性;该值越高,则Genotype的可能性越大;计算方法:Phred值 = -10 * log (1-p) p为基因型存在的概率。
指定的三种基因型的质量值(provieds the likelihoods of the given genotypes);这三种指定的基因型为(0/0,0/1,1/1),这三种基因型的概率总和为1。该值越大,表明为该种基因型的可能性越小。Phred值=-10log(P),P为基因型存在的概率。最有可能的genotype的值为0