首先，让我们看看我们将如何指定化学结构。化学世界充斥着可怕的文件格式，并且由于传统标准的普遍弹性，我们需要考虑它们。 然而，在我们开始之前，让我们决定分子数据的良好扩展表示。编码中使用的常用表示称为Javascript Objiect Notation或json， 它非常擅长简洁地表示任意数据。如果你以前从未听说过，我强烈建议你继续阅读它。这是 wiki 由于分子是任意数据的一个子集，json应该适合我们的需要。我们的drawer需要原子元素类型和3D位置，以及键连接和顺序。 因此，让我们使用如下所示的东西（例子是乙烷）
{
"atoms": [
{ "element": "C", "location": [ 0.252, -0.116, -0.704 ] },
{ "element": "C", "location": [ -0.252, 0.116, 0.704 ] }
],
"bonds": [
{ "atoms": [ 0, 1 ], "order": 1 }
]
}
这很容易在Python中解析
import json
data =json.loads(string)
在这两行中，我们现在有一个Python数据结构！如果我们想要打印第一个原子的y坐标，我们可以这样做
pirnt（data["atoms"][0]["location"][1]).
这将在以后派上用场。
现在，回到手头的问题。我们希望为数百种文件格式提供支持（molfiles,smiles,sdf,cif,pdb等，但解析他们都是绝对的噩梦。 在这篇文章那的先前版本中，我建议直接解析molfile。我现在收回我的话。那太愚蠢了。让我们使用Pybel，一个 openbabel 库的Python包。下载它，然后我们可以在一行代码中统一所有这些文件格式。
molecule = pybel.readstring(format,sting).
如果输入文件格式中没有位置数据，我们可以通过简单地调用来生成它。
molecule.make3D()
现在，我们可以将这种统一格式转换为json，我们将拥有统一的数据格式，而无需再编写任何解析逻辑
def molecule_to_json(molecule):
"""Converts an OpenBabel molecule to json for use in Blender."""
# Save atom element type and 3D location.
atoms = [{"element": atom.type,
"location": atom.coords}
for atom in molecule.atoms]
# Save number of bonds and indices of endpoint atoms
bonds = [{"atoms": [b.GetBeginAtom().GetIndex(), b.GetEndAtom().GetIndex()],
"order": b.GetBondOrder()}
for b in openbabel.OBMolBondIter(molecule.OBMol)]
return json.dumps({"atoms": atoms, "bonds": bonds})
github存储库中存在一些额外的混乱来处理极端情况，但是这个函数通常应该可以工作。
从分子对象转换为json将在很多方面帮助我们。例如，我们可以测试文件格式转换器的质量， 甚至不需要涉及blender（在隔离块中调试代码比调试整个事件更好）。