02. obs2ioda
O objetivo desta atividade é criar os arquivos de entrada de observações necessários à execução dos casos de teste do MPAS-JEDI. Para isso, as observações do NCEP em formato BUFR serão convertidas para o formato IODAv3-HDF5.
No diretório do tutorial, clone o repositório obs2ioda e compile o conversor. A compilação requer as bibliotecas NCEP BUFR, NetCDF-C e NetCDF-Fortran. O obs2ioda utiliza o CMake como sistema principal de compilação, permitindo o uso de um ambiente consistente com o empregado pelo MPAS-JEDI.
Clonar o repositorio do obs2ioda e compilar:
git clone -b release/1.0.0 https://github.com/NCAR/obs2ioda
cd obs2ioda/
mkdir build
cd build/
cmake ../ -DNCEP_BUFR_LIB=/p/projetos/monan_das/ss/env/spack-stack/spack-stack-inpe-test-release-2.1-gcc12/install/gcc/12.3.0/bufr-12.1.0-y5gjj7m/lib64/libbufr_4.so -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make
ctest
Prepare o diretório que receberá os arquivos em formato IODAv3-HDF5 e vincule nele os arquivos prepBUFR/BUFR de entrada, o executável e a tabela de erros de observação.
cd ../../
mkdir -p obs_ioda/2018041500
cd obs_ioda/2018041500
ln -s /p/projetos/monan_das/carlos.bastarz/SPACK/jgerd/tutorial_202509NCAR/mpasjedi_tutorial202509NCAR/obs_bufr/2018041500/prepbufr.gdas.20180415.t00z.nr.48h .
ln -s /p/projetos/monan_das/carlos.bastarz/SPACK/jgerd/tutorial_202509NCAR/mpasjedi_tutorial202509NCAR/obs_bufr/2018041500/gdas.1bamua.t00z.20180415.bufr .
ln -s /p/projetos/monan_das/carlos.bastarz/SPACK/jgerd/tutorial_202509NCAR/mpasjedi_tutorial202509NCAR/obs_bufr/2018041500/gdas.gpsro.t00z.20180415.bufr .
ln -s /p/projetos/monan_das/carlos.bastarz/SPACK/jgerd/tutorial_202509NCAR/mpasjedi_tutorial202509NCAR/obs_bufr/2018041500/gdas.satwnd.t00z.20180415.bufr .
ln -s ../../obs2ioda/build/bin/obs2ioda_v3 .
ln -s /p/projetos/monan_das/carlos.bastarz/SPACK/jgerd/tutorial_202509NCAR/mpasjedi_tutorial202509NCAR/obs_bufr/2018041500/obs_errtable .
Execute o conversor para cada arquivo de observações:
./obs2ioda_v3 prepbufr.gdas.20180415.t00z.nr.48h
./obs2ioda_v3 gdas.satwnd.t00z.20180415.bufr
./obs2ioda_v3 gdas.gpsro.t00z.20180415.bufr
./obs2ioda_v3 gdas.1bamua.t00z.20180415.bufr
Ao término, os arquivos com extensão .h5 devem estar no diretório de saída.
Prepare o ambiente Python, copie o diretório de ferramentas gráficas e execute o script de visualização:
source /home2/carlos.bastarz/.conda/envs/npl/bin/activate
cp -r /p/projetos/monan_das/carlos.bastarz/mpas_jedi_tutorial_202408_build-jedi_rel-develop/mpasbundlev3_local/code/mpas-jedi/graphics .
cd graphics/standalone
Warning
Alterar no script plot_obs_loc_tut.py:
sed -i "s,analyzed channel,analyzed channels,g" plot_obs_loc_tut.py
python plot_obs_loc_tut.py
source /home2/carlos.bastarz/.conda/envs/npl/bin/deactivate
display distri_airTemperature_aircraft_obs_2018041500_all.png