单篇生物医学论文精读：看懂实验为什么做，判断证据支持到哪里，提炼可以借鉴的研究设计。
版本：v0.3.3。默认中文完整精读，支持英文及明确要求的中英双语；另有速读和指定图／方法解析。
A Chinese-first agent skill for close reading, quick screening, or focused figure/method analysis of one biomedical paper, with traceable evidence records and the same evidence standards in any language.
Skill 入口 · 示例报告 · 验收记录 · MIT 许可
一句话发现： 在 18 名供者的横断面组织比较中，病例的 Marker A 平均分数较高，但供者层面差值的置信区间包含 0；把细胞当作独立观察得到的强显著性不能证明 A 驱动疾病。 阅读建议：选择性阅读。 适合精看其统计单位与结论之间的关系…… 本文看点： 同一数据使用不同统计单位得到不同显著性；组间年龄差异提供了需要检验的替代解释；观察结果与 Discussion 的因果措辞不匹配。
——摘自观察研究示例。三份完整示例（二手片段、观察研究、预测方法）见示例目录。
提供 PDF、DOI、论文链接或原文即可开始，无需先写研究问题。二手解析或部分材料也能处理，但会明确覆盖范围与暂定判断；仅有短片段时合并无实质内容的章节，篇幅来自原文信息量。
| 模式 | 实际读取与交付 |
|---|---|
| 完整精读（默认） | 通读可用正文和方法，逐张概览已有主图／补图，必要面板深入核查；交付论证与逐图／结果解释，未完成范围标受限 |
| 速读 | 先读摘要、问题、结果结构与讨论，再定点核查筛选判断依据的图、对照及方法；列明未读范围，不声称全文核验 |
| 指定图／方法 | 解析目标并补足影响解释的上下文、必要对照和已有相关补图；交付局部设计、结果、边界及适配建议 |
完整精读的报告结构：开篇导读 → 文章信息 → 研究概述 → 全文逻辑路线图 → 逐图／逐结果精读 → 研究总结与课题借鉴 → 数据与方法资源。有文件工具时交付独立论文目录下的 report.md（图像放 assets/，相对路径）；没有文件工具时直接输出文本。详见报告模板与模式与语言适配。
- 阅读报告与过程记录分开。 正文围绕作者的问题、设计、结果和论证；页码清单、查看事件、覆盖表、证据索引独立保存，用户要求核查或审稿时再展示。见证据规则。
- 补充材料默认只用本地已有文件，用户明确要求补取才联网下载；附件缺失不当作作者未做验证。
- 实际查看图像后才描述视觉信息。 转换、复制或插入报告不算查看；逐图状态由逐图记录和标准库校验器约束。
- 措辞与推断强度相称。 观察不写成因果、救援不等于必要性、联合不自动成协同、模型效果不自动成为患者疗效；统计单位与样本层级逐项区分。
- 范围内每个结果单元都要解释研究问题、方法输入输出与论证衔接，不能只给前几图方法、后续退化为图片或疑点清单。
- 语言由用户要求决定，英文论文不自动触发英文输出；双语两种表述共用证据记录，数字与判断强度一致。
git clone https://github.com/Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader.git请使用 ./biomedical-paper-reader/SKILL.md 阅读这份 PDF，生成中文精读报告。
路径相对于你的工作目录；必要时改用 SKILL.md 的绝对路径。要使用客户端的技能发现功能，将整个目录放入它支持的 skills 目录，保留 references/。
mkdir -p ~/.codex/skills
git clone https://github.com/Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader.git ~/.codex/skills/biomedical-paper-reader已安装副本用 git pull 更新；SKILL.md 标题下标注了当前版本，可与 CHANGELOG 对照确认没有装错版本。使用自定义配置目录时改用其对应 skills 目录；已存在同名版本时先比较内容，保留自己的修改。
使用 $biomedical-paper-reader 解析这篇论文：<DOI、链接或附件>。
语言与模式直接表达即可，例如“用英文速读这篇论文，判断是否值得精读”或 "analyze Figure 3 in English, including the methods and controls needed to interpret it"。双语或专题方法同样直接说明；这些是分析报告，不是全文逐句翻译。可补充研究方向以获得更贴合的迁移建议；未补充时给条件式适用场景。
Clone the repo and point any file-capable assistant at SKILL.md, or drop the folder into your client's skills directory. Default output is Chinese; request English or bilingual reports explicitly. Three modes: full close reading (default), quick screening, and focused figure/method analysis. Inputs can be a PDF, DOI, link, or pasted text. The skill relies only on host-provided file/PDF/image tools — no fixed MCP servers, third-party skills, or paid services. See examples for sample reports (fictional materials) and RESULTS.md for evaluation records.
按所选模式建立并复用原文章节、图表和主张索引，再联读相关正文、Methods、图注及图像。核心结论、引用数字和主要批评都有独立可追溯记录；正文以科学含义解释结果。多队列／嵌套样本记录个体→组织→切片→细胞层级及分析单位；机制链逐边说明证据与缺口；方法检查点按研究设计选用，不要求每篇出现固定技术链条。无图论文按主表、结果小节或方法单元展开。未实际执行的代码和数据不会被标为已经复现。长论文按增量笔记流程逐图落盘、组装成稿。
SKILL.md：触发说明、工作流和交付要求。references/：报告模板、模式与语言、证据规则、研究检查点、材料处理、逐图记录。scripts/check_reading_record.py：逐图记录与声明一致性的标准库校验器。scripts/render_pdf_page.py：可选 PDF 页渲染辅助（需 pypdfium2 或 PyMuPDF，非运行依赖）。agents/openai.yaml：可选的 Codex 界面元数据。evals/cases.md、evals/fixtures/：行为验收设计和原创虚构材料。evals/PROTOCOL.md：用自备论文复现行为评测的协议。evals/RESULTS.md：版本对应的验收入口；历史记录与新回归分开。evals/test_reading_record.py、evals/validate_repo.py：执行回归与仓库完整性检查（CI 自动运行）。examples/、evals/runs/：示例与各版本实际试读输出、评分及失败记录。CHANGELOG.md：版本变化。
两篇真实试读材料用于检验不同研究路径，技能指令不依赖其中的具体基因、疾病或方法顺序：
各版实际输出、语义评分、失败和未运行项见 验收记录：v0.1.0 两篇真实论文与三份虚构短文；v0.2.0 语言／模式及附件更新；v0.3.0 逐图动作校验与全补图回归；v0.3.1 后续方法解释；v0.3.2 报告与过程记录分离。v0.3.3 为工程与结构修订（入口重写、规则去重、CI、示例重排），未重跑行为试读。局部试读不扩称为真实论文或视觉全流程重跑；完整第三方论文、原图和原始数据不随公开仓库分发。
开发验证：python3 evals/validate_repo.py 检查本地链接与记录完整性，python3 evals/test_reading_record.py 运行记录回归；两者由 GitHub Actions 在每次推送时自动执行。要用自己的论文做行为评测，按 PROTOCOL.md 进行。视觉夹具可用已有 Pillow 运行 python3 evals/generate_visual_fixtures.py 重建；Pillow 仅用于开发夹具，技能阅读不强制 Python 或任何库。
本 skill 根据实际阅读需求独立编写，借鉴 nature-reader 的原文定位/图文联读思想，以及 paper-deep-note 的来源覆盖声明思想。未复制其实现文件或全文翻译工作流，也不依赖这些技能。参考时无法确认所见本地版本的原仓库或许可，因此这里仅注明思想来源，不重分发其内容。
本仓库的原创技能指令、模板、说明及虚构示例采用 MIT License。文中链接的第三方论文、数据和工具由各自权利人持有，适用其自身许可；本仓库许可证不延伸至这些外部材料。
欢迎通过 Issues 提交适配问题或通过 Pull Request 改进。反馈最好包括论文 DOI/公开链接、出现问题的输出、原文定位，以及期望的处理方式；只分享有权公开的材料。规则变更应说明针对哪个证据问题，并更新相应案例或记录，避免为单篇论文写死疾病、基因或技术顺序。