Zawartość projektu:

• podkatalog „PDB_structures” – zawiera listę PDB ID („PDB_IDs_batch.txt”) użytych struktur białek oraz skrypt pobierający udostępniany przez bazę danych RCSB PDB („batch_download.sh”). Podkatalog służy również jako repozytorium pobranych struktur PDB,
• podkatalog „Domain_architectures” – repozytorium na pliki XML zawierające informacje o architekturach domenowych analizowanych białek,
• skrypt „find_domains.py” – autorski skrypt wyszukujący domeny białkowe wiążące wskazane ligandy w zadanym zbiorze struktur białkowych,
• moduł „bioinf_tools.py” – zestaw autorskich narzędzi bioinformatycznych użytych z poziomu skryptu „find_domains.py”,
• dokumentacja modułu „bioinf_tools.py” – plik „bioinf_tools.html”,
• plik konfiguracyjny „config” – przykładowy plik konfiguracyjny skryptu „find_domains.py”,
• plik tekstowy „log.txt” – (plik log) szczegółowe wyniki analizy przeprowadzone dla zbioru struktur uzyskanego na podstawie listy PDB ID z „PDB_IDs_batch.txt”,
• plik tekstowy „gen_stat.txt” – statystyka dotycząca wszystkich znalezionych domen we wspomnianym zbiorze,
• plik tekstowy „matched_stat.txt” – statystyka dotycząca domen wiążących wskazane ligandy we wspomnianym zbiorze,
• plik tekstowy „where.txt” – skład aminokwasowy znalezionych miejsc wiążących w kontekście domen białkowych znalezionych we wspomnianym zbiorze.

Przykłady użycia skryptu „find_domains.py”:

• aby uzyskać wyniki podobne do tych zaprezentowanych w plikach tekstowych: „log.txt”, „gen_stat.txt”, „matched_stat.txt”, „where.txt” należy użyć komendy: ./find_domains.py –-config config –-verbose
• możliwe jest wybranie ilości struktur do testowego uruchomienia skryptu: ./find_domains.py –-config config --verbose –-batch_s 73
• aby uzyskać pliki log bez wyszczególnionych miejsc kontaktu ligand – białko, należy użyć komendy: ./find_domains.py –-config config

Plik konfiguracyjny:

pdb_directory: PDB_structures - ścieżka wymagana
xml_directory: Domain_architectures - ścieżka wymagana
log_file: log.txt - ścieżka opcjonalna
general_statistics_file: gen_stat.txt - ścieżka opcjonalna
matched_statistics_file: matched_stat.txt - ścieżka opcjonalna
where_ligand_file: where.txt - ścieżka opcjonalna
ligands: {CLR MHQ 94R ERG LNP LAN VD3 DVE HC9 HC3 - wymagane podanie skrótu PDB
 CO1 C3S B81 Y01 2OB CLL 5JK HCR HC2 HCD co najmniej jednego liganda
 0GV YK8 2DC PLO AND XCA K2B}