fix: dG 계산식 수정 및 5MB 청크 스캔을 통한 500 OOM 에러 해결

[DoItHi58]

변경 사항들

1. 깁스 자유에너지 수식 오류 수정 (Bug Fix)

기존 문제: 프라이머 3' 말단 안정성 계산 시 엔탈피 값만 합산하여, 모든 후보군이 필터를 통과하지 못하고 증발하는 버그가 있었습니다.
수정 내용: 엔탈피와 엔트로피를 모두 반영한 표준 깁스 자유에너지 수식으로 교정하여 정상적으로 프라이머 후보가 생성되도록 수정했습니다.

2. 메모리 최적화: 청크(Chunk) 기반 게놈 스캔 도입 (Performance & Stability)

기존 문제: chr1과 같은 대용량 염색체(약 250MB)를 한 번에 메모리에 로드하려고 시도할 때, 서버 메모리 초과(OOM)로 인한 500 Internal Server Error가 발생했습니다.
수정 내용: 게놈 서열 탐색 및 특이성 검사 로직을 5MB 단위 청크 분할 스캔 방식으로 변경했습니다. 이를 통해 메모리 점유율을 획기적으로 낮추어 안정적인 서비스 운용이 가능해졌습니다.

3. 페널티 기반 상위 N개 필터링 및 정렬 (UX Improvement)

기존 문제: 설계 조건에 따라 프라이머 후보가 수천 개씩 반환되는 경우, 클라이언트(브라우저) 환경에서 렌더링 부하로 인해 프리징 현상이 발생했습니다.
수정 내용:

• 각 프라이머별로 Tm 오차와 말단 안정성을 합산한 페널티 점수 로직을 추가했습니다.
• 가장 우수한(페널티가 낮은) 상위 50개 후보군만 반환하도록 제한하여 UI 응답 속도와 안정성을 확보했습니다.

[Copilot]

Pull request overview

프라이머 설계 파이프라인에서 3' 말단 안정성(dG) 계산식을 교정하고, 대용량 게놈 스캔/특이성 검사에서 OOM을 피하기 위해 5MB 청크 기반 스캔을 도입하며, 반환 후보 수를 페널티 기반 상위 N개로 제한하는 변경입니다.

Changes:

• 3' 말단 dG 계산을 엔탈피/엔트로피를 모두 반영하는 표준 깁스 자유에너지 계산으로 수정
• 템플릿 위치 탐색 및 특이성 검사를 게놈 전체 로드 대신 5MB 청크 스캔 방식으로 변경
• 후보 프라이머를 페널티(= |Tm 오차| + |말단 안정성 오차|)로 정렬 후 상위 50개로 제한

Reviewed changes

Copilot reviewed 2 out of 2 changed files in this pull request and generated 6 comments.

File	Description
app/api/v1/endpoints/design.py	후보군에 penalty를 부여해 정렬하고 상위 50개만 응답하도록 제한
app/algorithms/PrimerDesigner.py	dG 계산식 수정 및 템플릿 탐색/특이성 검사 로직을 5MB 청크 스캔으로 전환