This repository is the official Pytorch implementation of "FREED++: Improving RL Agents for Fragment-Based Molecule Generation by Thorough Reproduction".
| Package | Version |
|---|---|
| Python | 3.7.12 |
| PyTorch | 1.12.1 |
| TorchVision | 0.13.1 |
| CUDA | 11.3.1 |
| DGL | 0.9.1.post1 |
| RDKit | 2020.09.1.0 |
conda env create -f environment.yml
conda activate freedpppython main.py --exp_root ../experiments --alert_collections ../alert_collections.csv --fragments ../zinc_crem.json --receptor ../protein.pdbqt --vina_program ./env/qvina02 --starting_smile "c1([*:1])c([*:2])ccc([*:3])c1" --fragmentation crem --num_sub_proc 12 --n_conf 1 --exhaustiveness 1 --save_freq 50 --epochs 200 --commands "train,sample" --reward_version soft --box_center "x y z" --box_size "x,y,z" --seed 150 --name freedpp --objectives "Ic50,SA,DockingScore" --weights "1.0,1.0,1.0" --num_mols 10000
python main.py --exp_root ../experiments --alert_collections ../alert_collections.csv --fragments ../zinc_crem.json --receptor ../protein.pdbqt --vina_program ./env/qvina02 --starting_smile "c1([*:1])c([*:2])ccc([*:3])c1" --fragmentation crem --num_sub_proc 12 --n_conf 1 --exhaustiveness 1 --save_freq 50 --epochs 200 --commands "evaluate" --reward_version soft --box_center "x y z" --box_size "x,y,z" --seed 150 --name freedpp --objectives "Ic50,SA,DockingScore" --weights "1.0,1.0,1.0" --checkpoint ..experiments/freedpp/ckpt/model_200.pth--receptor здесь нужно указать имя файла с белком --box_center координаты центра связывания --box_size размер ограничивающего бокса --objectives названия свойств SA и DockingScore остаются без изменений для любого кейса. Ic50: Альцгеймер - Ic50_alzh, склероз - Ic50_sklr, рак легких - Ic50_lung, лекарственная устойчивость - Ic50_resist, дислипидемия - Ic50_dslp, Паркинсон - ic50_park --starting_smile можно поставить любой стартовый фрагмент молекулы. По умолчанию стоит фрагмент бензольного кольца