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提取、归纳、总结、输出、布道

不断重复简、繁、简的过程

R语言教程

R Graphics Cookbook R数据可视化手册,学会大部分基础的图形绘制
ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis 要掌握ggplot2绘图
Advanced R R语言进阶,了解R的数据结构和面向对象
R Packages (2e) R包,了解并学会开发简单的R包
R for Data Science R数据科学,学会并习惯基于tidyverse的R编程

开源的R语言学习书籍: https://bookdown.org/
ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis

搜索R包

https://www.rdocumentation.org/

awesome-R

https://github.com/qinwf/awesome-R

总结工作中用到的包

furrr https://github.com/DavisVaughan/furrr
R Interface to Python: https://rstudio.github.io/reticulate

survival:生存分析包,TCGA数据挖掘中常用

https://github.com/therneau/survival

ConsensusClusterPlus:无监督一致性聚类,这个概念要深入理解梳理

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ConsensusClusterPlus.html

STRINGdb:蛋白网络互作分析

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html

ggalluvial:桑基图

https://corybrunson.github.io/ggalluvial

GSVA: 基因集变异分析,和GSEA的区别

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GSVA/inst/doc/GSVA.html

biomaRt: ensembl数据库

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/biomaRt/inst/doc/accessing_ensembl.html

cogena: 共表达基因富集分析

http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/cogena.html

r-yaml: 处理yaml配置文件,写流程可采用

https://github.com/vubiostat/r-yaml

1F249A05 博客

谢益辉:https://blorg.cn/yihui.org/

尝试逐步构建一个R包

1.为啥要做这个包,这个R包要解决什么问题?

问题

  1. R数据框或向量取交集,并集,补集,差集?
  2. 总结工作中用到的R包的示例用法?
  3. 数据框提取奇数行、偶数行、整倍数行、奇数列、偶数列、整倍数列?
  4. R语言中批量提取当前目录中指定类型的文件,不如以gz结尾?
  5. R语言list如何追加元素?
  6. R语言如何删除数据集中指定的行或列?

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